藥品與環境工程學院創建于1981年（原化學工程系），至今已有40多年的辦學歷史，現開設8個專業：安全技術與管理專業、應用化工技術專業、藥品生產技術專業、藥品質量與安全專業、藥品經營與管理專業、環境工程技術專業、化妝品技術專業、食品藥品監督管理專業，其中“應用化工技術”專業為國家級骨干專業；有2個省級專業群：“應用化工技術”專業群和“藥品生產技術”專業群。各專業長期實踐“校企融合、三階段、三合一”人才培養模式，主要依托與企業的深層次合作，構建工學結合的教學體系，以企業的要求作為人才培養目標，以企業的標準作為課程標準，以企業的生產車間作為人才培養的主要環境，以企業的合格驗收作為學生評價最終結果，實現了畢業生與就業崗位的無縫對接。學院目前是教育部現代學徒制的試點單位，連續多年與當地知名企業對接現代學徒制和企業新型學徒制的人才培養模式，學生入校就拿工資，出校就入職，雙主體育人模式培養的學生受到用人單位的好評，畢業生百分百就業。高質量的就業引起多家媒體的關注和報道，就業質量高，供不應求的狀況已持續多年。
學院擁有一支教學和科研能力強的師資隊伍，現有專任教師40人，其中正教授6人，副教授15人，博士8人，博士后2人，“雙師型”教師35人，青年教師研究生學歷占100%，企業技術專家擔任兼職教師20余人，特聘產業教授2人。教師近三年完成省、市、校級教研教改課題18項，完成省、市、校級科研項目30多項，校企合作項目20多項，獲得發明專利授權12項。多人分別進入江蘇省“333人才”、江蘇省“青藍工程中青年學術帶頭人”、南通市“226”、南通市“科學技術拔尖人才”等方陣，教師獲得全國石油化工先進科技工作者、全國信息化大賽二等獎、全國高校自制教學儀器大賽二等獎、全國職業技能競賽優秀指導教師、江蘇省大學生創業大賽優秀指導教師、省優秀論文指導教師獎、省市優秀科研論文獎等多種獎項，一項新技術被江蘇省科技廳納入技術推廣指南。近三年發表科研論文90多篇，18篇論文被SCI和EI摘錄，科研到賬經費200多萬元。
學院實訓條件好，校內建有面積為6000平方米的獨立實訓中心，江蘇省農藥廢水處理及資源化利用工程研究中心，南通市精細化工科技服務平臺，南通市催化技術應用重點實驗室，南通市新材料政產學研基地，儀器分析測試中心，制藥GMP模擬車間，藥物中間體研發中心。同時還建立了30多個校外實訓基地，與企業建立了教師企業工作站，教師企業互動，使教學與生產無縫對接，為企業培養高質量的技術人才。學院兩次獲得南通市“服務地方經濟建設貢獻獎”。
學院實行“1+X”證書教育，即學時畢業時可獲得畢業證書和多種技能等級證書，融技能于教育教學課程，以職業資格標準引領人才培養方案，以考證課程考試大綱引領教學標準，以職業能力培養為主線，自始至終強化實訓教學。學院是國家職業技能鑒定中心授權培訓點，可開展化工總控工、化學檢驗員、工業廢水處理工、醫藥商品購銷員、藥品質量檢測員、藥物制劑工各等級的培訓和鑒定考證。
多年來學院一直崇尚強化內涵建設，為國家培養技能型人才。學生在老師的精心指導下在全國技能大賽中屢屢獲獎，近幾年獲得了全國高分子專業職業技能大賽特等獎、全國化工職業技能競賽個人一等獎團體二等獎、全國互聯網+大賽國家級三等獎江蘇省一等獎、江蘇省優秀畢業論文一等獎以及江蘇省大學生創業競賽一等獎等30多個獎項。
學院非常重視學生對繼續深造本科的需求。學院開設“專轉本”強化復習班，對轉本學生進行專業課程的強化輔導，有效提高了轉本通過率。學院與南京工業大學和揚州大學聯合辦學，為學生開展“專升本”和“專接本”教育，本科通過率為90%，學士學位獲得率為80%，通過努力學生可獲得南京工業大學和揚州大學的本科文憑，更有佼佼者繼續努力又獲得了碩士和博士學歷，展示了學院培養學生的后勁和潛力。學院還搭建國際交流平臺，選派學生赴臺灣弘光科技大學交流，接受納米比亞留學生，教師全程雙語教學，培養國際交流生。
