電子工程系是安徽電子信息職業技術學院創立最早的系院之一，現有電子信息工程技術（省級特色專業）、應用電子技術（省級特色專業）、汽車檢測與維修技術（省級綜合改革試點專業）、汽車營銷與服務、汽車電子技術專業（省級綜合改革試點專業）以及通信技術和移動通信技術7個專業；其中電子信息工程技術和應用電子技術兩個專業開設時間較長，師資力量雄厚，實踐條件完善，文化積淀豐富，在省內外同類院校中有較強的影響力。電子工程系目前在校生1500余人。
多年來，電子工程系不斷探索“校企合作、工學交替”的人才培養模式，實施“一書多證”，以突出“素質高，技能強，就業面寬，發展空間大”專業特色。目前，應用電子技術和電子信息工程技術兩個專業均為安徽省特色專業，其中電子信息工程技術專業還是教育部創新發展行動計劃骨干專業建設項目；汽車電子技術和汽車檢測與維修技術兩個專業為安徽省專業綜合改革試點專業，其中汽車檢測與維修技術專業還是中德合作辦學試點專業。以應用電子技術為龍頭的專業群建設是省級示范性高等職業院校重點建設的項目。
電子工程系現有教師隊伍44人，其中高級職稱17人、雙師素質教師35人，有1個省級教學團隊、1名省級教學名師、1名省級優秀教師、2名省級專業帶頭人、4名省級教壇新秀、1個智能系統設計競賽團隊；電子工程系實踐教學設施先進，現有各類校內實驗實訓室38個，涵蓋了電子、電信、通信、汽車等類別，建有安徽省特色優勢發展項目電子信息實驗實訓中心和汽車檢測與維修實驗實訓中心2個省級示范實驗實訓中心和1個校企共建以現代學徒制培養為主的特色學院。聘請企業主要技術骨干擔任專業實踐教師，為在校學生提供真實的生產實習環境，有效地促進了學生動手能力和技術技能的提高。
電子工程系積極與國內大中型企業合作，深化校企合作、產教融合。電子信息工程技術專業與蚌埠和能信息科技有限公司合作，共建校內聯合技術中心；應用電子技專業與中電科214所合作，共建校內集成電路芯片測試基地；汽車檢測與維修專業與中國聲國安徽寶信信息科技有限公司合作，共建校內汽車前店、中場、后店一體化實訓基地；通信技術專業與南京華蘇科技有限公司合作，共建校內通信人才培養基地——華蘇學院。校企合作深入融合，服務企業作用明顯，長期與合肥京東方光電、浙江朗科電氣、合肥海爾、蕪湖奇瑞、蘇州精英汽車、合肥聯寶電子、美的集團、合肥晟泰克汽車電子等大型企業保持密切合作。歷年畢業生就業率均保持在98%以上，就業質量不斷提高，多名學子已成長為企事業單位的重要管理崗位和技術崗位人才。根據專業第三方評價機構麥克思發布的調研報告數據，2017屆畢業生平均月薪資高于全國同類院校729元。電子工程系連續多年被評為院級畢業生就業先進單位。
電子工程系注重培養學生的專業技能的培養，積極組織學生參加職業技能培訓和競賽，以賽促學，在近幾年的全國和安徽省職業院校技能大賽的電子產品設計、集成電路測試、汽車檢修、新能源汽車等賽項中以及全國移動通信競賽、安徽省大學生機器人大賽和西門子挑戰杯等賽項中，多名學生先后獲一等獎、二等獎、三等獎等幾十個獎項，設有電子愛好者協會專業學生社團一個。
電子工程系是一個團結奮進的集體，系黨總支被評為安徽省先進基層黨組織，系團總支榮獲蚌埠市五四紅旗系團總支稱號，部門在2017、2018連續兩年被評為學院先進集體。
