醫藥系具有47年的辦學歷史，建系以來，共培養各類醫藥護類專業學生2萬余人?，F有在校學生2800余人。醫藥系開設有藥學、藥品經營與管理、康復治療技術、健康管理、醫學影像技術、中藥學、中草藥栽培技術等7個高職專業，開設有農村醫學、藥劑等2個中職專業。與貴州醫科大學、遵義醫科大學聯辦有成人臨床醫學、藥學、影像、麻醉、檢驗等本、?？茖I。共有專業教研室六個，分別是基礎醫學、臨床醫學、藥學、中藥學與中草藥栽培技術、康復治療技術、公共基礎教研室。現有教職工58人，其中正高職稱1人，副高職稱18人，中級職稱23人，碩士13人。黔西南州人民政府聘請北京中醫藥大學5名專家、教授為醫藥系客座教授。
醫藥系辦學定位：“融入黔西南，服務大健康”。以就業為導向，面向基層衛生醫療機構培養人才，深化辦學模式和人才培養模式改革，努力提高衛生職業教育的質量和效益”。
