智能工程系是建校以來歷史最為悠久的院系之一，前身為電子與電氣工程系，成立于2003年，現設有醫療器械維護與管理（國家高等職業教育創新發展行動計劃骨干專業）、機電一體化技術（省級特色專業）、電氣自動化技術（省教改示范專業）、工業機器人技術、汽車智能技術等五個專業。
智能工程系現有專任教師26人，其中，70%以上教師具有碩士學位，1位具有博士學位，7位副教授，安徽省優秀教師1人，市級優秀教師2人，校級專業帶頭人3人，70%以上教師為“雙師型”教師。為亳州市職教聯盟培訓基地，亳州市“電工”中級工、高級工、技師、高級技師培訓鑒定基地。校內實踐教學場地3600平方米，實踐教學設備總值逾1300萬元，“醫用電子儀器實訓中心”為省級示范性實訓基地。
智能工程系歷來重視校企合作，工學結合，與安徽及長三角地區智能制造行業企業建立校外實習基地數十個。與古井集團、亳州潔能電力有限公司、中聯重科集團（亳州產業園）、亳州本地藥企、亳州本地汽車4S店、亳州人民醫院、華佗（亳州）中醫院等亳州本地企事業單位建立了長期穩定的合作關系，為亳州地方經濟發展培養了大批高素質、技能型人才。
智能工程系注重學生專業基礎、創新能力和實踐技能、職業素質的培養，注重教學質量的控制及良好學風的建立，學生在全國職業院校技能大賽獲團體二等獎3隊次，三等獎1隊次、安徽省職業院校技能大賽團體一等獎2隊次、二等獎7隊次，三等獎11隊次，安徽省大學生電子設計大賽等省級賽事團體二等獎5隊次，三等獎5隊次。每屆畢業生均供不應求，一次就業率均在98％以上。15年來，培養5000余名畢業生，涌現出一批企業技術骨干、中高層管理者、創業典型，有著廣泛的社會影響力。
2014年，學院與合肥工業大學合作開展機電一體化工程“自考本科”，面向全日制?？圃谛W生，開展本科段自考助學，使我校學生在取得?？茖W歷的同時，還可獲得本科學歷。
