畜牧獸醫系創建于1960年，是學院的傳統優勢專業系部。根據現代畜牧業發展對人才的需求，進行了以職業能力培養為目標的“農業職業教育能力體系”改革，獲得農業部教育教學改革成果一等獎，是北京農業職業學院的主干教學系部之一，設有4個專業——動物醫學、畜牧獸醫專業、動物藥學專業、實驗動物技術專業。其中，畜牧獸醫專業是國家教育部“高校高職高專專業教育教學改革”試點單位，北京市“現代化標志專業”、“骨干特色專業”、“國家級示范性建設專業”。2018年《畜牧獸醫專業學生綜合實踐能力培養模式創新與實踐》獲北京市職業教育教學成果一等獎。
畜牧獸醫系師資力量雄厚。目前有教職員工57名，其中教授7名，推廣教授5名，副教授13名，推廣副教授9名，高級實驗師4名，博士后1名、博士研究生4名、碩士研究生32名。4名全國農業職業教育教學名師，6個北京市高等學校教學名師，15名教師被畜牧獸醫類行業選為理事，雙師型教師42名。有中國農業大學李德發院士領銜的院士工作站和奶牛產業科技資源工作站，李玉冰主講的《動物疾病診療技術》獲國家級精品課程。張孝和主講的《養禽與禽病防治》課程、李志主講的《寵物疾病診治》課程獲北京市級精品課程。有11名教師擔任了教育部、農業部21世紀國家高職高專規劃教材的主編或編者，其中李志主編的《寵物疾病診治》高職教材被評為北京市精品教材。李玉冰主編的《動物疾病診療技術》，楊久仙主編的《動物營養與飼料加工》獲得了2007年度全國高等農業職業教育精品教材。近三年來全系成功申請發明專利1項，新型實用專利16 項。近三年來專業教師（第一作者）出版專業學術著作57種，在國家級學術刊物上發表了專業學術論文253篇，其中SCI 6篇，多數專業教師現在擔任著行業或企業的技術廠長或技術顧問。
畜牧獸醫系具有精良的體現職業教育特色的實習實訓條件。擁有畜牧獸醫類實驗室18個，液相色譜儀、氣相色譜儀、傅立葉紅外線檢測儀、全自動定氮儀等分析化驗精良設備，在滿足教育教學、實訓和科研的同時，積極參與現代新型職業農民技術培訓和精準扶貧服務。畜牧獸醫系擁有目前華北地區規模最大的種雞廠、動物品種多樣的綜合畜牧場、教學動物醫院、動物胚胎移植應用技術中心、現代化種禽繁育中心、寵物馴養中心和獸藥生產與檢測實驗室等校內實訓基地，擁有三元綠荷、北京獸醫生物獸藥廠、全心全意連鎖動物醫院、北京愛牧家動物醫院、北京通和泰達轉化醫學研究院等門類齊全而穩定充足的動物醫學、實驗動物、養殖業等實訓基地，完全滿足師生實踐教學、科學研究和對農民進行專業技術培訓需要。
畜牧獸醫系目前有全日制高職大專在校學生721人。學生通過專業和實踐鍛煉學習，都具有扎實的專業知識和崗位技能。由于畜牧獸醫系各專業培養的學生綜合素質高、實踐能力強，“下得去、留得住、用得上”，深受社會用人單位喜愛，近三年來全系學生的畢業生就業率都保持在98%以上。
畜牧獸醫系以“創一流”為目標，積極實踐學院“開門、開放、開發”辦學宗旨，“教育為社會服務，教學為求學者服務”，團結、奮斗，開拓、進取、創新，積極適應北京經濟發展需要，面向生產、服務、管理第一線，致力培養中高級技術型應用型畜牧獸醫類專門人才。
