西南醫科大學圖書館始建時為川南醫士校圖書室，經過60多年的建設和發展，現已成為學校信息資源中心，也是川南地區及川滇黔渝結合地區的醫學文獻信息中心。
西南醫科大學圖書館由忠山校區圖書館和城北校區逸夫圖書館組成，館舍面積27400㎡，有閱覽座位2039個，其中電子閱覽座位100個，館內無線網絡覆蓋。圖書館現有紙質文獻158.3萬冊，電子文獻249萬冊。訂有中外文紙質期刊1100余種，形成了以生物醫學為重點，兼有哲學、人文社會科學及其他自然科學文獻的館藏體系。圖書館實行“藏、借、閱一體化”的開放服務模式，每周開館時間112小時，網上資源24小時開放，努力為學校教學、科研和人才培養提供多層次、高效、優質的文獻信息服務。
圖書館自動化、網絡化建設開始于1996年，2003年通過“四川省高等學校圖書館自動化網絡化評估”并獲得“優秀圖書館”稱號，2006年完成館內主干1000M、100M到桌面的高速局域網升級改造，2009年以城北校區新館建設為契機，完成了兩校區圖書館自動化平臺的整合，實現了為兩校區讀者提供圖書通借通還的服務功能。兩校區圖書館均實現無線網絡覆蓋，兩校區均設有讀者自助復印、打印系統方便了讀者的利用，2017年城北校區逸夫圖書館實現了基于磁條加條碼的讀者自助借還。圖書館已具備了較完善的現代化電子圖書系統和計算機網絡服務體系。
圖書館設有1個行政辦公室，文獻資源建設部、讀者服務部、學科服務部、信息檢索教研室、技術部等5個業務部門；有工作人員32人，其中高級職稱7人、中級職稱11人、研究生及其以上學歷8人。圖書館結合部門職能組織館員開展科學研究，積極推進圖書館現代化、數字化建設和服務學校教學、科研與人才培養工作，2013年、2017年連續被評為“四川省高等學校先進圖書館”。
