2016年元月，省部共建三江源生態與高原農牧業國家重點實驗室由科技部和青海省人民政府共同批準建設。實驗室依托青海大學，由青海省科技廳主管，實行實驗室學術委員會領導下的主任負責制，由青海大學校長王光謙院士擔任實驗室主任，中國水利水電科學研究院胡春宏院士任學術委員會主任委員。
實驗室瞄準青藏高原生態保護和高原農牧業可持續發展中的重大科學問題，緊密圍繞國家戰略和區域經濟社會發展需求，形成了高原水文水資源與水生態環境、高原生態系統功能及演替規律研究、高原農牧業種質資源創新與利用三個研究方向。
實驗室現有固定人員120人，包括科研人員105人，專職管理人員4人，實驗技術人員11人，博士占比達80%。共聘請了7名首席專家，確定了8名學術骨干，組建了40名青年博士組成的創新團隊。
青海大學新建成的實驗大樓15000平方米作為國家重點實驗室研究平臺，為重點實驗室提供了充足的發展空間。2016年學校投入3890萬元支持實驗室建設，購置先進實驗儀器，搭建共享研究平臺。
實驗室成立僅一年來，獲批國家重大研發計劃項目5項，其中3項主持，經費5687萬元；兩項參與，經費730萬元。國家自然科學基金24項，青海省科技廳項目60項，總計獲批經費11103萬元。獲2016年度國家科技進步二等獎1項，2016年度青海省科技進步重大貢獻獎1項，一等獎1項，二等獎2項，三等獎4項。在國際學術期刊發表SCI論文16篇。與新西蘭奧克蘭大學合編專著一部，是世界上首部關于青海三江源的著作，由德國施普林格出版社出版。
