杭州電子科技大學通信與信息安全實驗中心由“通信原理實驗室”、“通信系統實驗室”、“數字信號處理實驗室”、“通信網絡實驗室”、“信息對抗實驗室”、“多媒體通信技術實驗室”、“光纖通信網實驗室”、“信息安全實驗室”, “無線通信與移動通信實驗室”、“ 語音圖像編碼與傳輸實驗室”等10個實驗室組成。
1989年建立通信原理實驗室；1990年建立現代電視原理實驗室,后改名為多媒體通信技術實驗室；1998年先后成立“通信系統實驗室”“數字信號處理實驗室”、“通信網絡實驗室”；2003年,隨著學校整體搬遷到新的下沙校區,已有的5個實驗室都進行了不同程度的改建與擴建,改善了實驗環境,更新了大量的儀器設備；同時新建信息對抗技術實驗室；2004年新建光纖通信網實驗室；2005年新建信息安全實驗室；2007年新建無線通信與移動通信實驗室；2008年光纖通信網實驗室獲省財政資助，進行擴建，同年還對“通信原理實驗室”和“數字信號處理實驗室”進行設備更新。2009年獲省財政專項資助，新建語音圖像編碼與傳輸實驗室，同年信息安全實驗室也獲得省財政資助，進行了改擴建工作。
實驗中心采用校、院二級管理，主任負責制，各實驗室配有專門的管理責任人，采用中心直管和教研室托管兩種方式。
