嘉興學院醫學實驗中心成立于2005年4月,位于梁林校區。實驗室建筑面積14626平方米。由形態學實驗室、機能學實驗室、藥學實驗室、臨床技能實驗室、大學生創新實驗室、醫學分子生物學實驗室六個分室組成。其中，醫學分子生物學實驗室是嘉興市重點實驗室。為醫學院師生科研提供了硬件保障，為地方醫院和周邊企業提供科研平臺。
自05年以來，在上級部門的大力支持下，實驗中心進行了全面建設和改造，目前儀器設備5036臺件，設備總值2000余萬元，其中10萬以上大型儀器12臺，包括全自動血氣分析儀，高效液相色譜儀、小型噴霧干燥器、多普勒超聲診斷系統、熒光倒置顯微鏡、實時定量PCR、冷凍干燥機、醫學綜合模擬人、ECS綜合模擬人、全自動流式細胞分析儀等大型儀器，建有SPF級動物房，為教師科研、醫務人員技能培訓、學生創新項目畢業論文提供了可靠保障。在2010年5月，嘉興市病理質控中心、嘉興市病理尸體解剖中心掛牌成立。
醫學實驗中心承擔醫學院臨床醫學，護理學，藥學三個本科專業55門實驗課程，年完成實驗教學約21.2萬人時數。實驗中心自成立以來，積極向師生開放，近五年來承擔各類科研項目206項，經費總額為805.32萬元，其中國家級項目1項、省部級項目14項。共計發表論文412篇，其中在SCI收錄雜志發表論文59篇，另有15篇論文被EI收錄，國內一級期刊論文50篇。110項科技成果通過驗收鑒定，21項次科技成果獲各級各類科技獎勵，其中省部級學會獎5項，市廳級獎項13項，校級獎勵3項。申請專利3項，獲得專利授權2項。學生借助中心平臺完成了浙江省“新苗人才”計劃19項目、重點SRT項目23項，一般SRT項目55項，公開發表論文28篇；在浙江省大學生創業設計競賽中獲得一等獎、特等獎。另外在浙江省大學生醫學競賽中，連續三年均獲得一等獎、二等獎和三等獎的成績，體現了我院醫學教學質量和學生專業素質。
醫學實驗中心成立以來，著力于創新實驗室管理體制，整合實驗教學資源，構建了高效、靈活的實驗室運行機制；探求新的教學模式，把PBL教學引入醫學實踐教學，建立并完善多站式考試站，改革傳統的實驗教學考核方法，從而形成多元化的教學模式，走出一條有特色的實驗教學之路。
