“天然產物化學與應用重點實驗室”的發展基礎是中科院新疆分院與伊犁師范學院共建的“資源與生態研究所”下設的天然產物研究室。實驗室于2007年開始正式籌建，2009年10月經學校批準掛牌成立為校級重點實驗室。目前，本實驗室主要依托有機化學重點學科和資源與生態研究所，圍繞新疆特別是伊犁地區特色植物活性成分研究、天然產物合成、植物資源發掘與可持續利用這三個方向開展科學研究、人才培養和學科團隊建設。實驗室現有固定人員21人，其中科研人員19人，實驗室管理人員2人。教授3人，副教授10人，客座、兼職教授5人；具有博士學位的實驗室人員10人。目前梯隊中有自治區教學名師1名、教學能手1名；校級學術帶頭人3人、青年骨干教師6人。
實驗室面積2500余平方米，10萬元以上儀器設備合計35臺(件)，儀器設備值總值1600余萬元。擁有氣相質譜聯用儀、氣相色譜儀、液相色譜儀、紅外分光光度計，紫外分光光度計、熒光光度計、原子吸收光譜儀等一批大型儀器設施。實驗室以伊犁地區豐富的特色植物資源為主要研究對象，分別開展活性成分研究、天然產物合成和植物資源的可持續利用等方面的研究工作?，F已建成天然產物研究室、藥用植物種質資源研究室；化學與應用化學實驗教學示范中心；藥用植物有效成分提取分離實驗室、活性成分篩選實驗室、分子生物學實驗室、細胞生物學實驗室、應用化學實驗室、化學基礎實驗室和生物學基礎實驗室等8個實驗室。先后承擔和完成了包括國家自然科學基金、教育部回國留學人員基金、自治區科技支疆、自治區科技支撐計劃、自治區高?？蒲兄攸c、自治州科研計劃、校級科研計劃重點等科研項目和多項橫向科研課題，與地方企業合作的重要項目多項,科研經費累計達300余萬元。實驗室研究人員在國內外核心刊物發表論文80余篇，其中SCI收錄30余篇；收集、整理藥用植物種質資源50余份，篩選小檗、櫻桃李、阿魏等優良品系5個；分離鑒定化合物5個。這些為本實驗室的進一步發展奠定了良好的基礎。
近年來，實驗室重視通過“產學研”結合推動學科發展，使實驗室建設不僅瞄準學術前沿，而且也著眼于為區域經濟社會發展服務，在學科專業人才培養和科學研究領域形成了較為鮮明特色和明顯的綜合優勢。
