根據國家大力發展遠洋漁業的漁業發展戰略，上海海洋大學（原上海水產大學）于2000年建立大洋生物資源開發與利用重點實驗室。建設期間，在上海市重點學科建設、高校高水平特色項目等的資助下，實現跨越式發展。2007年12月經上海市教委批準，成為大洋生物資源可持續開發和利用上海市高校重點開放實驗室；2008年10月經教育部批準，成為大洋漁業資源可持續開發省部共建教育部重點實驗室。
實驗室依托上海海洋大學捕撈學和漁業資源學二大傳統優勢學科和新興的海洋信息工程學科。捕撈學科和漁業資源學科于1999年被農業部確定為重點學科，其中捕撈學學科于2002年被評為上海市教委第四期重點學科，2005年、2008年分別備評為上海市第二、三期重點學科；2006年實驗室獲準建設上海市海洋生物資源與環境創新平臺（上海市第一期高校高水平特色項目），2008年獲準建設海洋研究院（上海市第二期高校高水平特色項目）；依托實驗室的海洋漁業科學與技術專業于2007、2009年2度獲上海市教育高地建設項目資助，2007年被批準成為國家第一批高校特色專業建設點；2007、2008年實驗室教學研究團隊被分獲上海市和國家級教學團隊稱號。
實驗室以金槍魚、魷魚、竹筴魚、秋刀魚等大洋性生物資源應用基礎研究為重點，開展高效、生態、節能的捕撈技術和可持續利用與管理的研究。圍繞大洋漁業資源開發過程中涉及的開發對象、開發地點和開發手段3個主要方面，根據捕撈學科和漁業資源學科的發展趨勢，結合我國大洋性公海漁業產業的需求，設立漁業資源數量變動機制及開發策略、高效生態型捕撈技術和基于3S的漁情預報技術三個研究方向。
實驗室共有研究人員33人，其中教授13人，副教授7人，講師13人，具有博士學位的人員22位，具有碩士學位的人員8位。博士生導師5人，碩士生導師19人。其中，大多成員具有國外工作、留學或進修經歷。
近五年來，實驗室先后承擔或完成大洋生物資源開發和利用等領域的國家863計劃、國家科技支撐計劃、國際合作及省、部級等各類科研項目近百項，累計經費超過3000多萬元。并開展了廣泛的國內外合作研究和交流。
近五年來，實驗室先后獲得國家科技進步二等獎1次，上海市科技進步一、二等獎各1次，教育部科技進步二等獎1次，海洋局科技創新成果二等獎2次，中國水產科學院科技進步二等獎2次。累計在國內外刊物中發表論文300多篇，其中SCI20多篇，出版專著11本。
