國家飛行器控制實驗教學中心依托控制科學與工程學科和飛行器設計學科，創建于2006年。其前身為1955年蘇聯專家的幫助創建的哈工大自動控制實驗室。實驗室先后被評為國家重點專業實驗室（1988年）、黑龍江省優秀實驗室（1994年）、黑龍江省教委雙基實驗室（2003年）、黑龍江省重點實驗室（2004年）、國防科技工業研究生教育創新基地（2005年）等。2009年12月，教育部批準其為國家級實驗教學示范中心建設單位。
中心現由兩個部分組成：
1.用于本科生、部分研究生實驗和學生科技創新活動的實驗室——包括4個技術基礎課實驗室、6個專業課實驗室、1個學生科技創新實驗室；
2.用于研究生實驗——包括3個研究中心（控制理論與制導技術研究中心、控制與仿真中心、空間控制與慣性技術研究中心）的實驗室，共有實驗設備設備1692臺套。
中心現有專職人員9人、兼職人員43人，其中教授31人、副教授15人、講師6人，博士化率為81%。
中心面向全校自動化、探測制導與控制、飛行器設計與工程等10多個本科專業開設自動控制原理、自動控制元件及線路、飛行器控制等17門課程共52個實驗項目，已開設4門創新實驗課。中心還面向控制科學與工程學科和飛行器設計學科研究生開設20門課程共46個實驗項目。年均接待本科生1400人、研究生160人，年均實驗教學工作量近3萬人時數。
中心在理論課程、實驗課程設置及實驗項目選取上突出國防與航天特色，重視“飛行器控制”、“探測與制導技術”、“導航原理”等特色課程建設，強化課程教學、實驗教學、課程設計、生產實習和畢業設計等各個環節，突出工程實踐能力的人才培養特色，始終把學生創新能力培養與實踐能力訓練貫穿于整個教學過程，確保學生得到嚴格培養和訓練。
近三年來，中心先后獲得了“985工程科技創新平臺”、“985工程高水平教學實驗室建設”、“211工程創新人才培養基地建設”、“十一五國防特色導航、制導與控制專業建設”等多個建設項目支持，實驗條件與環境有了很大改觀。
中心教師承擔了省級教學項目4項，獲得國家教學成果二等獎1項，省教學成果獎5項。承擔科研項目109項，獲國家科技進步二等獎2項、國防科技進步二等獎1項、省科技一、二、三等獎各1項，獲專利12項。出版各類十一五規劃教材6本、專著2部、譯著4部。發表教學與科研論文170多篇。中心教師組織學生參加各類競賽，獲得國際、國家和省級獎項151項，指導學生發表論文31篇。近年來，中心接待了國內外50多所高校300多位同行的訪問，促進了了實踐教學質量的提高。
中心秉承“規格嚴格，功夫到家”的校訓，朝著“以工程意識、創新意識和工程實踐能力培養為核心，以高素質、復合型人才培養為宗旨，建設與21世紀控制科學與工程學科相適應的高水平國家級實驗教學示范中心”的目標邁進。
