功能有機分子制備與應用九江市重點實驗室以九江學院為依托單位，在九江學院“應用化學”重點學科基礎上，整合九江學院化環學院與基礎醫學院在相關學科和研究基地的優勢資源，按照市級重點實驗室的嚴格要求高標準地進行建設。2012年11月經九江市科技局發文批準建設。
重點實驗室圍繞本領域國際研究前沿，立足于我市有機化學及醫藥產業的發展需要，基于推進技術創新，開展高水平科學研究，創造條件承擔國家和省級重大科研項目，提高我市化學及相關學科的人才培養層次，構筑化學人才高地，為我市化學生物醫藥工業和國民經濟的可持續發展，為加快實現全市國民經濟的跨越式發展和九江在中部地區的率先崛起這一宏偉目標作貢獻。
重點實驗室圍在天然產物化學，功能高分子及有機催化與應用，生物選礦及精細化學品化學等學科方面具有很好的研究基礎。近三年來，在這幾個方向承擔國家自然科學基金7項，省級以上課題50多項，獲取科研經費1000余萬元。
重點實驗室集中了一批年富力強的中青年學術骨干、年輕的海外留學歸國博士為中堅力量的研究隊伍。研究人員以中青年骨干為主，其中教授基本集中在40-55歲之間，副教授集中在30-40歲之間，80%以上具有博士學位，其中有交叉學科背景者占35%，海外留學人員、博士后及曾在國外研修一年以上者占25%。
實驗室依托九江學院，實行主任負責制，采取統一的主任委員會協調機制和學術委員會指導評審機制，按照“開放、流動、聯合、競爭”的原則，實行統一管理、分級負責、協調運行的管理模式，以“優勢學科聯合、優秀人才集中、包容整合”的建室思想，實施封閉式管理和開放式運行。推行改革，鼓勵創新，整合資源，優化配置，加強服務，規范管理，形成能正常運行、有序管理和具備自身特色的共建機制、高水平管理和運行機制。努力把重點實驗室建設成為組織高水平基礎研究和應用基礎研究、聚集和培養優秀科學家、開展學術交流的重要基地。
研究方向：
1. 天然有機與合成化學
以我國的中藥及民族藥資源為研究對象，運用化學、生物的理論和方法及現代測試手段，對天然產物進行提取、分離、生物活性與功能篩選、結構修飾和全合成開展基礎與應用基礎研究。
2. 功能有機高分子
主要在設計合成對光電磁及化學環境具有敏感響應能力的高分子及其在生物醫學、智能傳感、功能器件構筑等方面開展基礎與應用基礎研究。
3. 有機催化化學
主要在設計合成新型功能化多酸催化劑及催化應用；均相或多相催綠色選擇氧化或酸堿催化新工藝的開發及處理有機廢水的綠色環境催化新技術及工藝開發等領域開展基礎與應用基礎研究。
4. 生物選礦
有機化學藥劑及微生物技術在礦產資源開發與綜合利用等方面開展開展基礎與應用基礎研究。
5.精細化學品化學
圍繞我國國民經濟與地方經濟建設急需解決的重大技術難題，主要對油脂化工產品、催化劑、助劑、醫藥中間體、農藥及中間體等精細化學品進行產品開發與技術創新。
