為建設高水平、有特色、有影響的新型工程大學，湖北工程學院全面實施“十二五”科技創新工作，圓滿完成“十二五”科技工作目標任務。“十二五”期間，學校堅持“自主創新、重點跨越、支撐發展、引領未來”的科技方針，不斷改革創新，加快科研工作“四化”（科研機構實體化、科研管理學術化、科研經費社會化、科研成果產業化）進程，在重點平臺、重點團隊、重點項目、重要成果、高端設備和機制體制創新方面取得突破性進展，全面提升了“學科—人才—科研”三位一體創新能力。
“十二五”期間，學校新增“2011計劃”生物質資源轉化利用湖北省協同創新中心、湖北省新農村發展研究院、湖北省大學校園科技孵化器、湖北省眾創空間•澴川創客匯、湖北省科技成果轉化基地、湖北省知識產權培訓基地、特色果蔬質量安全控制湖北省重點實驗室、湖北省農業資源利用研發推廣中心、建筑防水材料研究開發湖北省校企共建研發中心、湖北小微企業發展研究中心、中華孝文化研究中心、湖北省研究生教育創新基地等省級重點創新平臺12個。至此，學校省級、市級科技創新平臺數量達到20個。
圍繞重點學科群和重點項目群建設的生物質資源轉化利用湖北省協同創新中心，首批入選湖北省“2011計劃”協同創新中心，爭取經費3200多萬元。湖北省新農村發展研究院首批入選高等學校新農村發展研究院建設計劃，致力于農業科技創新和成果轉化，建成綜合示范基地20多個，加快新品種、新技術、新成果、新模式引進、研發、試驗、示范、推廣，經濟、社會、生態效益顯著，被授予全國農業科技推廣先進單位稱號，爭取經費1000多萬元。甲殼質資源研究與利用、糧油資源研究與利用、果蔬資源研究與利用、茶葉資源研究與利用、生物質基新型復合材料研究與利用等協同創新團隊特色明顯、績效顯著。高配合力抗逆不育系A4系列雜交油菜品種推廣應用榮獲湖北省科技成果推廣獎；雙低油菜輕簡化高效生產技術示范推廣榮獲孝感市科技成果推廣獎一等獎。
學校重點科技創新平臺主持一批國家自然科學基金項目、國家科技計劃重點項目、國家農業科技成果轉化基金項目等國家級、省部級科研項目。為企業和社會提供攻關、研發、檢測、培訓、咨詢、規劃、軟件系統開發等科技創新服務。為高新技術企業提供測試、分析樣品1000多件次，完成建設規劃編制2000多件，專利、技術、標準、品種、工藝、模式等科技成果及其轉化200多項，為社會開展各類培訓1萬多人次，為促進文化傳承、創新、發展和新型智庫建設起到了引領作用。在甲殼素資源、阻燃材料、動力與儲能電池、綠色光源、新型高分子材料、規劃設計、云計算與大數據、農業資源利用、農產品質量安全、食品加工等科技創新領域形成了特色和優勢，并取得系列研究成果，為區域經濟社會發展提供了科技支撐。
