內蒙古醫科大學蒙藥炮制實驗中心由原中蒙醫學院蒙藥炮制實驗室和藥物實驗室在2007年5月整合后實行二級管理模式的實踐教學基地。由蒙藥傳統炮制實驗室、蒙藥藥理實驗室、蒙藥資源分析實驗室和蒙藥制劑實驗室和精密儀器室組成，總面積為450平方米。實驗中心不斷充實和擴建，2010年新增的儀器設備80多套，價值250萬元。
目前，除了蒙藥傳統炮制加工所使用的相關設備以外CGN-208半自動膠囊充填機、YLS-1A多功能小鼠活動記錄儀、DU800紫外可見分光光度計、SIGMA2-16K臺式高速冷凍離心機、XD-3X線衍射分析儀、LC-15C液相色譜儀等科研儀器設備共有130套（臺），總價值300余萬。通過幾年建設師資隊伍日趨合理，現有教師12人，高級職稱人員3名，中級職稱人員9名，其中博士1名，碩士9名，學士2名。主要承擔蒙醫藥專業本科生和留學生的有關蒙藥學實驗課的教學以及研究生、教師等不同層次人員的科研工作。開展實驗有“蒙藥傳統炮制學”“蒙藥藥理學”“蒙醫方劑學”“蒙藥制劑學”“蒙藥分析化學”“蒙藥鑒定學”“蒙藥藥用植物學”等7個專業60多項實驗。
實驗中心不斷進行基本建設，實驗設備不斷更新，不斷優化師資隊伍結構，以提高學院教學質量為宗旨，為培養21世紀理論知識扎實，實踐技能強的留得住、用得上的人才為教學目標。教學方面注重傳統理論與現代實驗研究的緊密結合，努力培養學生動手操作能力。尤其為了促進和規范蒙藥炮制操作規程、方法，不斷改進和增添儀器設備，以改進蒙藥炮制方法，研究和揭示炮制機理、炮制對藥物的影響為新辦專業學生教學任務而設計了實驗課程并正在實施實驗教學。
