隸屬廣西教育廳。該實驗室下設北部灣海洋與海岸帶信息中心、北部灣海洋開發與利用研究所、北部灣海洋地理實驗室、北部灣海洋環境監測與保護研究所、北部灣海洋生態保護及資源開發利用研究所。實驗室是廣西北部灣海洋的綜合性研究機構，任務是收集研究北部灣海洋與海岸帶信息，對北部灣海洋環境進行監測，進行海洋能源、海洋生物資源開發以及海洋生態環境保護等方面的應用基礎研究，發展具有鮮明地域特色的海洋保護與開發利用技術，并促進應用開發和成果轉化。2013年末有兼職研究人員72人，其中具有高級專業技術職務資格的45人，中級26人,廣西優秀專家1人。實驗室主任李尚平。
目前為止，研究人員發表論文97篇，其中中文核心或四大檢索收錄有34多篇。中心研究人員承擔承接2013年度國家自科基金項目2項，廣西自然科學基金項目7項，廣西教育廳社科項目20多項，獲科研經費資助總額300多萬元。
北部灣海洋與海岸帶信息中心
該中心是通過對北部灣海洋信息進行收集、傳輸、處理、存儲，建立海洋環境保護，海岸帶研究，海洋生態保護，海岸開發，海 洋人文地理，海洋減災防災等研究領域的相關數據庫，提供基礎數據的查詢與預測、仿真、管理決策等服務體系功能，為當地海洋經濟的發展建立科學依據。
北部灣海洋開發利用實驗室
該實驗室根據各污染源特征及途徑，研究相應的防控技術及排除污染措施和方法；協助有關部門建立船舶油污染的預報、預警系統，提高對船舶污染災害的防范能力；對北部灣沿海的海灣、河口(入?？诨虺龊？?潮位及浪高進行實時、實地精確監測，采集相關數據，分析、研究潮汐規律；開展近海風能、潮汐能、海流能、太陽能的應用技術研究，尤其是近海風能的應用技術研究；開展海洋能轉化與電能儲存的研究。
北部灣海洋地理實驗室
該實驗室充分利用瀕臨北部灣的地緣優勢，抓住北部灣（廣西）經濟區建設進程中海洋災害是第一隱患這一事實，以解決海洋資源開發、利用與環境保護等問題為突破口，重點就北部灣海洋環境發展與演變規律、海洋災害致災因子及防災減災對策進行研究，為廣西沿海三市海洋資源開發、利用與保護及災害預警提供科學的決策依據。
北部灣海洋環境監測與保護研究所
該所開展北部灣海洋環境容量研究，主要污染物調查監測，海上溢油及污染物監測、預警和控制研究；開展北部灣生態環境，包括水化學環境、沉積環境、生物環境現狀及變化趨勢調查研究，建立動態模型；調查分析廣西北部灣海域和主要入?？谖廴疚?、污染總量；定量評價海洋環境容量，建立海洋環境容量數學模型。
北部灣海洋生態保護及資源開發利用研究所
該所主要針對廣西北部灣豐富的海洋生物資源，以名優經濟物種、特有物種為原料，對海洋藥用物質、生物信息物質、海洋生物毒素、生物功能材料等各種天然產物進行調查、研究與開發。以多層次、多方位、多角度綜合利用為宗旨，以海洋生物制藥為技術制高點，從天然產物中提煉精制各種功能性成分；在定性定量分析的基礎上，對各有效成分的生理功能進行科學評價，并著力解決利用活性物質的各種關鍵性技術難題；開發海洋生物資源綜合加工利用技術，重點針對大宗低值化海洋水產品及其廢棄物，研究開發技術含量高、附加值高的新產品或海洋生物制品，開發海產品新的功能和用途，提高海產品的經濟價值。所長張晨曉。
