南通航運職業技術學院航海系，在五十多年的航海職業教育的辦學歷程中形成了“嚴謹、嚴格”的教風、“扎實、踏實”的學風、“深入、深究”的作風和“崇尚實踐”的航海職業技術教育特色。校友遍布海內外，影響深遠。
航海系設有航海教研室、航海儀器教研室、船藝教研室、水上訓練中心。航海系設有國家骨干高職院校重點建設專業——航海技術專業，為國內外船東培養與國際接軌的航海專門人才。航海技術專業一直是學院的主干專業，2003年被江蘇省教育廳評為江蘇省高職示范專業，2010年被江蘇省教育廳評為江蘇省高職品牌專業。近年來，航海系內涵建設成果豐碩。2008年，航海技術教學團隊被省教育廳授予江蘇省高校優秀教學團隊稱號，2010年航海系黨總支第二支部被江蘇省交通運輸廳評為“先進堡壘黨支部”，2011年水上訓練中心被江蘇省交通運輸廳授予“全省交通運輸行業安康杯競賽優秀班組”稱號，2011年航海系被中國高等職業技術教育研究會評為“全國高職高專院?？蒲泄ぷ飨冗M單位，2012年航海系黨總支被江蘇省交通運輸廳表彰命名為“全省交通運輸行業創先爭優示范點”，2013年航海系被江蘇省總工會授予“江蘇省工人先鋒號”稱號。
航海系長期與江蘇遠洋運輸有限公司、中國長江航運集團南京油運股份有限公司、南京遠洋運輸股份有限公司、上海森海海事服務有限公司、廈門海隆對外勞務合作有限公司等省內外知名航運企業合作，采用“訂單式”培養模式共同培育航海人才。目前已擁有一支專兼職結合、學歷、職稱結構合理的師資隊伍，師資力量雄厚。專任教師中有教授4人，遠洋船長11人，江蘇省高校教學名師2人、江蘇省交通系統教學名師1人、全國交通職業教育專業帶頭人1人、江蘇省交通系統“100人才工程”人選4人、江蘇省“333高層次人才培養工程”培養對象2人、江蘇省高等學校“青藍工程”中青年學術帶頭人培養對象2人、江蘇省高等學校“青藍工程”優秀青年骨干教師培養對象1人、南通市“226高層次人才培養工程”中青年創新創業領軍人才1人、南通市“226高層次人才培養工程”中青年科學技術帶頭人4人、南通市專業技術拔尖人才2人、南通市教壇新秀1人。航海系的專任教師定期上遠洋船頂崗工作，具有豐富的航海實踐經驗，“雙師”素質比例高達93.6%。此外還長期聘用一批來自航運企業生產一線具有一定理論基礎的技術骨干為兼職教師。
航海系建成了集教學、船員培訓、科技服務和職業技能鑒定為一體的校內省級實訓基地——海洋船舶駕駛實訓基地。海洋船舶駕駛實訓基地由水上安全實訓中心、大型船舶操縱模擬中心、全球海上遇險和安全系統（GMDSS）模擬及實訓中心、航海桌面模擬器實訓中心、天象館、航海儀器操作訓練中心、航海氣象實訓中心、海圖作業實訓中心等組成。海洋船舶駕駛實訓基地能提供真實航海職業工作環境或模擬真實航海職業工作環境的實訓教學，能對航運企業提供科技服務，能為國內外航運企業提供船員專項培訓和職業技能鑒定。還與江蘇遠洋運輸有限公司等20多家航運企業共同建成了一批工學結合、產學合作教學基地，與江海集團合作建造的生產性教學實習船“長春門”、“長陽門”輪已經運用于實訓教學。校外實訓基地以職業技能培養為核心，滿足學生頂崗實習要求。航海技術專業的實踐教學條件處于國內同類航海院校的領先水平。
近幾年來航海系在專業建設、科技開發與社會服務工作方面取得了顯著成績。獲“江蘇省高等學校教育教學成果一等獎”3項；獲江蘇省高等教育科學研究成果二等獎1項；主持省級教改科研課題15項；建成國家級精品課程1門；建成省級精品課程5門；省級優秀課程群1個，省級立項精品教材1項、主編公開出版教材8門；院級優秀課程群1個；院級精品課程4門。航海系設有江蘇省磁羅經技術服務部南通站，長期為國內外各類船舶提供磁羅經技術服務。航海系近十年來為國內外航運企業舉辦了值班水手適任考試與評估、三副適任考試與評估、大副考試與評估、船長考試與評估、基本安全專項培訓、高級消防專項培訓、精通急救專項培訓、精通艇筏專項培訓、GMDSS普操員適任考試與評估等船員專項培訓，年均培訓近萬人次，取得了良好的經濟效益與社會效益。
航海系對學生實施半軍事管理和“雙向四段”、“雙證制”人才培養模式，學生可獲得學歷證書和國家海事局頒發、國際海事組織認可的海船船員專項培訓證書和適任證書。自 1960 年以來航海系為國家培養和輸送了大量的航海人才，他們中的許多人已成為我國發展國內外運輸事業的骨干力量，涌現了一批全國、省、市勞動模范和國內海員最高獎 ——“金錨獎”獲得者，畢業生深受國內外知名航運企業的青睞，已連續多年出現供不應求的喜人局面，培養的畢業生質量高、就業率高、發展前景好，在國內外航運界享有良好的聲譽。
