汽車應用技術系是學院骨干系之一，有著33年的辦學積淀，現開設有汽車檢測與維修技術、汽車電子技術、汽車技術服務與營銷、模具設計與制造、機械設計與制造等五個專業，在校生1200余人。汽車檢測與維修技術專業于2008年被學院確定為院級重點專業；2011年列為中央財政支持的重點建設專業；2012年被安徽省教育廳列為省級特色建設專業。目前，本系是“安徽省汽車駕駛教練員培訓基地”、“安徽省機電高技能人才培訓基地”、“安徽省再就業培訓定點機構”、“安徽省機動車維修從業人員從業資格考試點”、“巢湖市汽車維修技師社會化鑒定考核點”等。
汽車應用技術系擁有一支教學經驗豐富、具有一定科研能力、雙師水平較高的師資隊伍?，F有專兼職教師35人，其中高級職稱14人，中級職稱8人，“雙師型”教師20人，汽車維修技師15人，畢業和在讀碩士研究生13人，外聘行業企業技術專家、能工巧匠擔任兼職教師12名，校外專家建設指導委員會委員和校外實習指導教師近20名。2012年榮獲省級教學成果二等獎一項，建成院級精品課程三門，主審、主編、參編交通職業教育規劃教材30多人次,發表專業論文20余篇。近年來，汽車、機械類專業全面推行“教、學、做”一體化教學模式，核心課程實行主講教師負責制。教學中注重專業技能和綜合素質的培養，多人次在省級高職院校職業技能競賽中獲二、三等獎，其中在2012年全國高職院校職業技能大賽（汽車檢測與維修項目）中，取得了團體三等獎、單項（汽車自動變速器拆裝與檢測）二等獎的優異成績。畢業生就業率一直穩定在98%以上水平。
汽車應用技術系擁有良好的實踐教學資源，現已建成校內三大實訓基地，即汽車實訓實習中心、汽車修理實習工廠、國家一級駕校。其中汽車實訓實習中心為省級示范實驗實訓中心，建筑面積19219平方米，設有汽車構造與拆裝實訓中心、汽車檢測與故障診斷實訓中心、汽車美容與養護實訓中心、汽車信息技術實訓中心、汽車車身實訓中心、汽車性能檢測實訓中心、機械加工實訓中心，設備總價值近800萬元。近兩年完成合作企業技術人員和社會人員培訓近4000余人。建有校外實訓基地28個，供各專業學生頂崗實習和教師實踐鍛煉。
