其前身為1978年建立的內蒙古民族醫學院蒙醫系實驗室和蒙藥系實驗室。2000年三校合并后成為蒙醫藥學院實驗教學中心。2002年由內蒙古教育廳正式審核批準為“內蒙古自治區高校蒙醫藥研發重點實驗室”，由巴根那教授擔任重點實驗室主任。
現有專職人員28人，其中教授12人，副教授6人，高級實驗師2人，博士10人，碩士8人；碩士生導師13人。實驗室現有儀器設備800余臺件，儀器設備總值近1000萬元，其中800元以上儀器設備500臺件，總值約428萬余元；10萬元以上的高精密設備8臺。實驗室基礎設施價值達80萬元。
主要承擔蒙醫學、藥物制劑學、蒙藥學和高等護理學等4個專業本科生實驗教學和畢業論文研究任務。
實驗室主要研究方向：
1.蒙醫藥基礎理論研究。
2.蒙藥資源與質量標準研究。
3.蒙藥新藥開發研究。
4.蒙醫藥臨床特色療法研究。
現正承擔自治區自然科學基金重大項目2項，其他省部級課題10項。
