新疆醫科大學免疫學與病原生物學基礎研究實驗室主要由新疆醫科大學 微生物教研室、免疫學學教研室和人體寄生蟲教研室的教師和實驗技術人員以優勢互補的原則有機結合而組建，實驗室以新疆地區性特高發傳染病為切入點，進行有針對性的病原生物學和免疫學基礎機制研究，研究內容與保障人類健康息息相關，應用基礎及應用成果將直接服務于患者，對于防治嚴重危害人類健康的傳染病和未來反侵略戰爭及反恐怖活動等都具有重要的現實意義。
2010年病原生物學成為自治區重點學科，2013年成立自治區教育廳的重點實驗室。
實驗室共4個研究室（分子和細胞免疫研究室、細菌免疫研究室、病毒免疫研究室、寄生蟲免疫室），包含10間實驗室，約1500㎡，具備開展免疫學、病原生物學和分子生物學研究的基本設備，設備總價值1800余萬元，其中本學科相關儀器設備總價值1100余萬元，能夠開展研究可以涉及分子免疫學等，初步建立了分子免疫學、分子病毒學、包蟲病學的相關研究實驗平臺，滿足校內外教師和研究生的科研工作，同時也對外開展服務與合作交流。
實驗室研究隊伍中有博士生導師4人，碩士生導師12人，共培養碩士生55人，培養博士研究生10人。2007年免疫學碩士點獲得自治區優秀碩士點。研究生在學期間發表論文70余篇。先后有4人獲自治區優秀碩士論文。指導了19項本科生科研創新和設計項目，獲得全國大學生設計創新項目比賽一等獎1項、三等獎3項。實驗室在包蟲病基因型和基因工程疫苗、艾滋病的防治和結核病機制與診斷技術等特色性研究方面均已取得了多個研究成果，多年來累計承擔包括1項國家863計劃子項目，20項國家自然科學基金，2項教育部春暉計劃項目，1項科技支疆項目，5項自治區自然科學基金，6項自治區高?？蒲许椖浚?項實驗室開放課題，共41項，科研經費732.5萬元。3年來以第一作者或通訊作者發表高水平科研論文88篇，其中國際和國內會議發表6篇(EI收錄1篇)，SCI收錄19篇(總影響因子29.28)， CSCD核心期刊收錄63篇。編寫并出版國家級規劃教材16部。申請專利2項。
