山東農業工程學院食品研究所成立于2009年，是進行食品及農產品采后流通、貯運、加工方面科學研究及技術服務；并負責學院食品相關專業實習實訓指導的科學研究機構。主要業務有食品加工技術的應用研究和開發推廣、食品檢驗、食品生產、學生教學實習實訓等。下設食品研究室、食品加工實訓中心和綜合科三個科室。
食品研究所自成立以來，主要致力于農產品加工、微生物發酵食品、營養保健食品研究和開發工作。先后承擔了國家“十一五”科技支撐計劃子課題“白靈菇采后預處理及保鮮技術研究”、國家星火計劃“農產品超細加工關鍵技術研究”。省科技攻關課題“超細粉碎技術在農產品加工中的開發應用”及省農業科技成果轉化項目“超細粉碎技術在農產品加工中的開發應用”、省星火項目“糯玉米新產品加工技術”等十幾項國家級、省級課題。申請發明專利3項、實用新型專利1項，SCI、IE收錄文章1篇、國家核心期刊發表論文30多篇。獲省科技進步三等獎一項。
幾年來，研究人員一直致力于農產品加工技術的推廣普及和科技成果轉化工作。為全省農產品加工企業經理培訓班、新型農民培訓班講授農產品加工技術；為食品專業、園藝專業、農技專業學生提供實習實訓指導，讓學生參與課題實驗提高學生的科技創新能力；承擔農業科技成果轉化項目使科研成果盡快轉化為生產力。其中承擔的農業科技成果轉化項目研發的超細粉食品（如超細粉營養面條、超細粉營養面包、超細粉營養片等）拓寬了農產品資源種類，增加了農產品花色品種，增強了企業的市場競爭力，并且大大提高了農產品資源的利用率，提高了農產品的附加值，具有顯著的社會與經濟效益。
