山東省黃河三角洲生態環境重點實驗室于2007年被省科技廳、財政廳批準成立，后又被教育廳批準為山東省高校黃河三角洲生態環境重點實驗室，依托黃河三角洲生態環境研究中心建設。2008年3月順利通過山東省教育廳的考察評估，10月以優秀的成績順利通過山東省科技廳的績效考評。重點實驗室有固定研究人員30人，其中，具有博士學位人員15名，碩士學位人員10名；正高級職稱人員6名、副高級職稱人員8名；1人為博士生導師，2人為碩士生導師，2人享受國務院政府特貼。名譽校長李文華院士任學術委員會主任，濱州學院副院長、博士生導師陸兆華教授兼主任。
本著“開放、流動、聯合、競爭”的方針，充分發揮本重點實驗室在生態學、環境學，尤其是對黃河三角洲研究的輻射、帶動和服務作用。重點實驗室已與中國礦業大學（北京）、中國科學院煙臺海岸帶可持續發展研究所、中國海洋大學等高校和科研單位聯合招收培養博士、碩士研究生。同時，重點實驗室還積極對外開放，設立開放基金，實行聯合共建，吸引其他高校、科研院所的碩士、博士研究生到重點實驗室開展有關實驗研究工作。先后有中國海洋大學、中國礦業大學、中國科學院煙臺海岸帶可持續發展研究所、中國科學院生態中心、山東農業大學等單位的研究人員和博士碩士研究生到重點實驗室開展科研工作。
近幾年來，學校投資1000多萬元，用于重點實驗室儀器設備購置、實驗室改造、人才引進等。目前，實驗室儀器設備總值近1300萬元，進口儀器設備800多萬元。實驗室面積約2150m2，建有生態過程、生態監測、生態規劃與評價、微生物生態等專業實驗室，氣相色譜質譜室、原子吸收室、離子色譜室等分析測試實驗室。
自建設以來，重點實驗室共獲各類科研經費1500多萬元。其中，承擔國家級科研項目5項，省部級科研項目15項，市廳級科研項目14項，橫向科研項目4項，其他科研項目10多項。獲得山東省科技進步二等獎1項、三等獎2項，山東省社會科學優秀成果二等獎1項、三等獎1項，山東省高等學校優秀科研成果二等獎1項、三等獎2項，山東省軟科學優秀成果獎一、二等獎各1項，濱州市科技進步獎5項；出版著作14部；發表論文200多篇，其中SCI/EI收錄30多篇，國外或國內中文核心期刊論文100多篇，授權專利1項。
重點實驗室立足黃河三角洲社會經濟發展中出現的生態環境問題，主要開展受損與退化生態系統的保護和恢復技術、環境污染防治技術等方面的基礎理論研究和應用基礎研究。目前，主要開展了黃河三角洲生態環境演變、黃河三角洲開發對濕地生態系統的影響、黃河三角洲生態系統保護與恢復技術、區域生態安全能力建設與環境管理等方面研究。
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