山東農業工程學院獸醫獸藥研究所由以理論研究及生物高技術研究為核心的知識創新機構和以成果轉化、產業開發為核心的技術創新機構兩大部分組成，圍繞獸醫獸藥的基礎理論和臨床動物疾病防控新技術而申報課題、展開研究，使之盡快與生產實際相結合，并補充和豐富獸醫獸藥專業的課程教學內容。
研究所設有禽病研究室、豬病研究室、新獸藥開發研究室三個研究機構；研究人員10人，其中基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學教授4名，獸醫藥理學博士生1名，碩士生2名。
研究所始終以追蹤國內外獸醫獸藥研究新動向做為工作宗旨、把獸醫獸藥研究新技術新成果與畜牧獸醫生產實際相結合做為主要任務，以科技創新為工作目標，承擔動物醫學相關領域的科研項目，探索和解決與其相關的有關科技問題。研究所將為動物疫病防控技術的發展與進步，為新獸藥的研究開發做出應有的貢獻。
