經濟管理系成立于2004年，所屬經管類專業是甘肅農業職業技術學院傳統骨干專業群之一。
自1964年起開設農業會計專業，1984年開設農業經濟管理專業，1985年起先后開設鄉鎮企業管理、會計與統計等專業。進入90年代隨著我國經濟管理體制的不斷變革，學校適應市場經濟及社會需要及時開設了經濟貿易、會計電算化、農業產業化經營與管理、市場營銷、物流管理等新型專業，現已形成以會計電算化、物流管理和計算機應用技術為核心的專業群?，F開設有會計電算化、財務管理、物流管理、市場營銷與策劃、經濟管理、計算機應用技術、計算機網絡技術7個專業，在校學生1200余人。
經濟管理系擁有一支教學經驗豐富,職稱、學歷、年齡結構合理的師資隊伍?，F有教職工34人，其中專職教師23人，兼職教師11人。教師中具有教授職稱1人，副教授職稱6人，中級職稱15人；具有研究生學位的教師8人，“雙師”型教師10人。他們愛崗敬業，勤于耕耘，治學嚴謹，教學業務能力強。從2004年以來，我系教師在全國經濟學、管理學、會計學、計算機、教育學等期刊上發表專業學術論文近百篇；主編或參編公開出版教材15部，主持或參與科研項目8項，其中省部級以上課題5項。
校內建有會計手工模擬實驗室一個、會計電算化實驗室一個、物流模擬實驗室一個，專業計算機房七個，設備先進，軟件齊全，實訓資料完備，設備利用率高。所有實驗室均有專業的實驗管理人員專門管理。
為實現“工學結合”教學模式，鍛煉學生綜合素質，拓寬學生就業渠道，經濟管理系積極開展校企交流與合作，先后與甘肅益誠會計服務有限公司、蘭州蔣氏農產品有限公司、永靖縣農林局、甘肅聯合快遞有限責任公司、蘭州瑞森科技有限公司等多家單位和企業建立了校企合作關系，保證每個專業都有對口合作企業，為學生實習實訓及就業提供條件。
經濟管理系非常重視學風、班風建設，致力于全面提高學生的綜合素質，引導學生全面發展。注重培養學生的實踐能力與創新能力，采取專門措施，鼓勵學生在學好本專業知識的同時，努力參加社會實踐和科研活動。在校內經常性地開展 “財會技能競賽”、“會計電算化技能競賽”，“用友ERP沙盤模擬經營競賽”、“計算機技能競賽”、“大學生辯論賽”、“演講比賽”等形式多樣、富有特色的學生技能競賽活動。2007年參加全省首屆高職財會技能競賽，獲得了團體總分第二的好成績，有多位同學在單項比賽中取得了第一名。2008年、2009年連續兩年參加“‘用友杯’全國大學生ＥＲＰ技能大賽”，都獲得甘肅省第一名，全國一等獎的好成績。2009年參加‘用友杯’全國大學生創業設計暨沙盤模擬經營大賽，獲得甘肅賽區總決賽第三名。
