我校自2010起，實行研究生培養機制改革，錄取的研究生均按照改革后研究生獎助體系享受基本獎助金。基本獎助金的標準將明顯高于改革前助學金標準，基本獎助金標準分為三檔：一等800元/月，二等600元/月，三等400元/月,每學年評定一次。入學第一年按照第一志愿錄取新生享受二等600元/月、調劑錄取新生享受三等400元/月的標準。
一、招生人數：2012年我校擬定招收碩士研究生905人，其中專業學位235人，具體招生規模數，以國家下達計劃為準，根據教育部實際下達計劃數、生源狀況和學校發展需要，對學校招生總規模數及各專業招生數進行適當調整。
二、考試科目：
1.由教育部考試中心命題的科目有：101思想政治理論、201英語一、204英語二、301數學一、302數學二、303數學三、314數學（農）或315化學（農）、414植物生理學與生物化學、415動物生理學與生物化學、408計算機學科專業基礎綜合。
2.由水產學科基礎綜合聯考工作小組命題的考試科目有：416普通動物學與普通生態學、417普通生態學與魚類學。
3.由我校自行命題有：340農業知識綜合二，341農業知識綜合三，342農業知識綜合四，601高等數學，以7××、8××、9××代碼開頭的考試科目。
各碩士點復試均要安排專業課的筆試，筆試科目見我校網站研究生招生目錄中的說明。為幫助考生考前復習，我校已編寫部分專業課及復試考試課程的考試大綱，考生可到我校網站下載考綱等材料。
三、說明：專業代碼6位數最后兩位數為零的專業，均為按一級學科招生。打★的專業為我校自主設置二級學科。各招生專業在復試時，雙向選擇確定導師。
四、聯合培養情況：我校與中國水產科學研究院（簡稱：中國水科院）、上海農業科學院（簡稱：上海農科院）、上海光明集團等多家單位聯合培養研究生，培養方式為：基礎課程在上海海洋大學完成，學位論文工作在各聯合培養單位進行，按照上海海洋大學統一要求進行論文評閱和論文答辯，并由上海海洋大學頒發畢業證書和學位證書。
中國水科院、上海農科院的招生目錄已單列。報考這兩個單位的考生，網上報名時必須直接選擇這兩個單位。在這兩個單位的招生專業中，一級學科“生物學”、“海洋科學”專業均按照我校生命科學學院相同專業及研究生方向進行培養，一級學“科環境科學與工程”專業均按照海洋學院相同專業進行培養。
