水生生物學實驗室早于上世紀70年代就開始工作，多年來一直配合大連海洋大學省部級重點學科——水產養殖學科和省部級重點開放實驗室——農業部海洋水產增養殖生態學重點開放實驗室（現更名為海洋水產增養殖學與生物技術重點開放實驗室）開展科學研究和人才培養工作。
1999年由大連水產學院正式成立水生生物學重點實驗室，設有水域生態學、魚類生物學、海藻生物學與漁業利用和水產無脊椎動物學四個穩定的研究方向。實驗室建立以來，堅持科學技術是第一生產力的思想，堅持為區域經濟服務，為建設“海上遼寧”和“海上大連”和“振興老工業基地”服務；堅持科學研究與新技術開發相結合；堅持科學研究、人才培養、學術隊伍建設、作風與制度建設協調發展的原則，明確科學研究方向，規范工作程序，嚴格過程管理，從而使該實驗室在科學研究、學術隊伍建設、人才培養、國內外學術交流等都取得較好成績。
1999年以來，實驗室承擔了國家“863”計劃、國家科技攻關和國家“973”項目7項，國家自然科學基金7項，國家、省、部和地方科技項目累積70余項，有多項成果具世界領先和先進水平，完成的成果大部分得到推廣應用，有力地推動了遼寧省乃至我國漁業科技的進步和產業發展。
根據《關于公布遼寧省新增省級高校重點實驗室名單的通知》（遼教發[2004]157號）文件，水生生物學重點實驗室被評為遼寧省省級高校重點實驗室（C類），實驗室建立后，將圍繞上述研究方向開展工作，為遼寧省水生生物資源利用和保護以及為水產增養殖產業提供技術支撐和保障，將整體提高遼寧省水生生物多樣性和可持續利用，提高水產增養殖技術水平，帶動產業持續、穩定發展。發揮區位優勢，立足黃、渤海和中國北方內陸水域，逐漸形成具有區域特色的水生生物學研究中心，以適應并服務于我國北方水產增養殖知識創新，實現水產增養殖業和環境的健康、協調發展。積極爭取并高質量完成國家各級科研開發任務，多途徑吸收資金，擴大開放交流力度，增強研究實力，多出科研成果，加速成果轉化，將實驗室建成遼寧省水生生物研究中心和高水平的水生生物科技創新、高新技術成果孵化及人才培養基地，力爭該學科早上博士點，培養高水平人才。提高實驗室在我國生物科技發展和“海上遼寧”建設中的科技貢獻率，為遼寧省由海洋大省向海洋強省的轉變做出應有貢獻。
