動物醫學系是青海畜牧獸醫職業技術學院適應市場經濟對人才的需求發生結構性大轉換的前沿系別，近年來該系進一步擴大專業面，積極創建特色專業，現開設獸醫、動物防疫與檢疫專業、寵物醫學和獸醫衛生檢驗四個專業。其中動物防疫與檢疫專業和獸醫專業已建設成為省級重點專業，同時動物防疫與檢疫專業被列入國家級示范院校建設中重點建設專業之一。
該系在示范校建設中成功的探索出“學用結合、技能遞進”的工學結合“季節性生產崗位輪訓”人才培養模式，即：在三、四、五學期根據課程實踐教學的需要，安排每學期一個月的輪崗實習，在動物防疫、動物疾病診療、動物檢疫檢驗等崗位進行輪崗，并進行畢業前半年以上的頂崗實習，通過技能的強化訓練，使學生獲得高級動物疫病防治員、高級動物檢疫檢驗員等兩個以上職業資格證書。第六學期在行業企業選擇擬就業崗位方向進行頂崗實習，實現畢業與就業零距離的結合。
《動物傳染病學》和《獸醫衛生檢驗》兩門課程已建設成為省級重點課程，在示范校建設中，《動物檢疫技術》被認定為教育部動物生產類專業教學指導委員精品課程，現正申報國家級精品課程，《動物解剖生理》、《動物普通病診療技術》、《動物性食品安全檢驗技術》、《動物侵襲病防控技術》及《動物病理分析》六門課程已建設成為院級精品課程，現正申報省級精品課程?！秳游锼幚砼c毒理》、并已開發《動物微生物基礎》等七門特色教材。
目前，該系專職教師33人，輔導員2名， 其中教授5人，副高以上職稱13人，具有研究生以上學歷的5人。在讀博士1名、研究生2名，省級名師2名。專業帶頭人2名，骨干教師7名。外聘兼職教師36名職教師比例達1：1.03，滿足了職業教育中提高學生實踐動手能力的需求。
該系現有動物生理解剖實訓室、動物普通病診療實訓室、動物外科實訓室、動物病理分析實訓室、動物寄生蟲實訓室、動物藥理及中獸醫實訓室、動物產品安全檢驗實訓室及動物微生物傳染病實訓室等8個課程實訓室及一個實習病院，擔負著專業課程的實驗實習及教學任務。根據教學大綱，各課程實驗室能準時按計劃完成各項實驗，開出率在95%以上。為了加強實踐教學，提高學生的動手能力，加強橫向聯系，先后建立了北京金佳駿犬業有限公司、湟中縣獸醫站、西寧市檢疫站及蘭州恒泰寵物醫院等25個校外實習基地，方便了我系學生的輪崗實習和頂崗實習，為提高學生的實踐動手操作能力，培養出合格的高素質技能型人才夯實了基礎。
