2002年3月，經自治區人民政府批準，將原伊犁農機校、伊犁農校、伊犁畜牧學校合并為伊犁職業技術學院。現伊犁職業技術學院機電工程系有專任教師36人，其中研究生學歷1人，本科學歷30人。有副教授1人，高級講師12人，講師13人，機械工程師1人?，F有高職專業有電氣自動化專業、旅游管理專業、汽車檢測與維護專業、機電設備維修與管理專業。本系與南京聯辦高職專業有：分別是汽車制造與裝配專業、數控加工專業、眼視光專業。中職專業有：汽車檢測與維修專業、電氣化專業、旅游專業?，F有學生461人，其中高職學生274人。
伊犁職業技術學院眾友駕訓中心由伊犁職業技術學院與眾友駕訓中心合辦，位于伊犁職業技術學院西校區，是伊犁職業技術學院機電系汽車專業的校內實訓基地。該基地成立于2005年8月9日，主要作為伊犁職業技術學院機電系汽車專業學生的駕駛技能培訓，同時對外培訓汽車C照學員。
該基地目前擁有24名員工，其中管理人員6名，教練員18名，年培訓能力800余人。
基地占地面積15畝，固定資產200余萬元。擁有BQ50215LY4A型中型皮卡11輛，硬化訓練場地7500平方米，龍門架10套，程控電教板1套，教學軟件2套，電腦4臺，能夠滿足學院培訓要求，并向伊犁職業技術學院汽車專業學員進行汽車駕駛實訓和實踐教學提供硬件設施和有利條件。
重點專業
電氣自動化專業：
是機電系的傳統專業，1987年開始中專招生，至今已有21年的辦學歷史，有良好的師資力量，試驗設備設施齊全，有9個實驗室。就業前景良好。
開設的核心課程有：
路基礎、電子技術、電機拖動、電氣控制與PLC、企業供電、自動控制系統、電力電子技術、自動檢測與轉換技術。
旅游管理專業：
伊犁州旅游資源豐富，伊犁州制定了“旅游名州“的戰略發展目標，為實施這以目標，為了順應市場對旅游人才的需求，學院于2004年增設了旅游管理專業，2005年開始第一屆招生，該專業的就業方向為旅行社、星級酒店、景點景區。
開設的核心課程有：
導游業務、旅游文化、旅行社經營管理、旅游市場營銷、旅游服務禮儀及語言藝術、飯店前廳客房服務與管理、飯店餐飲服務與管理、旅游政策法規等。
汽車檢測與維修專業：
是由原中職《汽車檢測與維修》專業發展而來，2007年開始高職招生?，F有汽車駕校1所，有完整的汽車實驗室。
開設的核心課程有：
汽車檢測與診斷技術、汽車發動機構造與維修、汽車底盤構造與維修、電工電子技術、汽車電控技術、汽車電器與維修。
機電設備維修與管理專業：
在對伊犁州企業的人才需求情況進行廣泛調研的基礎上，設立了該專業。該專業將很好的 滿足中小企業對復合型人才的需求。2008年開始高職招生。主要就業方向有：機械制造業、采礦業、煤化工行業、建筑業及農副產品的深加工業。
開設的核心課程有：
工程制圖、電工技術、電子技術、電氣控制與PLC、機械制造基礎、機電工程技術、機械設備修理、無損檢測技術。
