內蒙古醫科大學（原內蒙古醫學院）圖書館成立于1956年。1990年起受自治區衛生廳委托承擔全區醫藥衛生科技項目查新咨詢工作。1991年被國家衛生部指定為全國醫學文獻資源共享網絡省級中心館。
圖書館總建筑面積22500平方米，現有新華校區和金山校區兩個館，其中，金山校區圖書館建筑面積17274.41平方米，為全校主館，全面系統收藏各類書籍資源；新華校區圖書館建筑面積5448.9平方米，該館突出建設臨床、直屬附院及二級學院分館（資料室）具有專業特色的文獻保障與網絡化服務體系。
內蒙古醫學院圖書館擁有豐富的藏書量。作為較早成立的少數民族地區高校圖書館，還保存有大量的少數民族醫學類著作。圖書館現有館藏文獻總量121.4萬冊，其中紙質文獻86.5萬冊，電子圖書34.75萬冊，收藏甘珠爾經（103卷）和丹珠爾經（213卷）等珍貴文獻10575冊。館藏文獻堅持“保證重點、突出特色、優化結構、注重實效”的文獻資源建設原則，經過五十多年的不斷積淀，形成了以醫藥學、生物學文獻為主，兼顧社會科學、自然科學文獻，紙質文獻與電子數據資源相結合的館藏體系。質量優秀、種類繁多、特色明顯的館藏體系為大學生們提供了快捷便利的服務，在滿足同學們獲取知識的同時，更滿足了大學生素質教育的需要。
在提供傳統書籍資源服務的同時，內蒙古醫學院圖書館緊跟時代的步伐，不斷引進新的網絡資源，現在網絡化、自動化建設初具規模。圖書館各類數據庫達到26個，自建館藏文獻數據庫6個，同時與兄弟院校共建《蒙醫藥學及相關文獻全文數據庫》，已成為內蒙古乃至北方高校圖書館之林中的佼佼者。
圖書館擁有各類閱覽室19個，其中電子與多媒體室4個閱覽座位368個。各類閱覽室每周開放84小時,自習室每天開放15小時,教研部承擔著全院學生的醫學文獻檢索與利用等6門課程的教學工作。
內蒙古醫學院圖書館以其豐富的文化資源、民族韻味及獨特的造型成為內蒙古醫學院的標志性建筑。
