福建中醫藥大學圖書館創辦于1958年，經過近六十年的發展，圖書館“淀積資源、傳播文化、交流學術、服務師生”的職責日益彰顯，文獻保障能力大大加強。目前我館基本形成了紙質文獻與電子文獻齊頭并進的館藏格局。截止2018年6月，紙質資源總量達129.1萬冊；電子圖書88萬冊，各類學術電子資源容量達45.1TB，文獻資源基本覆蓋了學校的全部學科范疇，為提高教學科研和學科建設水平提供了信息資源保證。在長期的建設中形成了閩臺中醫藥文化文獻特色館藏，居全國領先地位，有力支持了學校閩臺特色研究。收藏線裝古籍圖書1942種，共計11365冊（其中醫學類古籍圖書約1610種，8655冊），其中最具特色的是福建古代著名醫家陳修園、宋慈、楊士瀛、鄭奮揚等各類著述94種，370冊；福建地域特色文獻12種，390余冊。
旗山校區圖書館建成于2007年，大樓屹立于旗山校區董奉廣場之后，建筑恢宏大氣，是我校標志性建筑之一；樓前呈方形的董奉廣場與樓后宋慈湖的一灣碧水把中國傳統方圓的傳說演繹得淋漓盡致。樓宇內部文化建設圍繞我?！按筢t精誠、止于至善”校訓形成多個文化主題。
圖書館現設有館長辦公室、圖書館辦公室、書刊部、技術部、參考咨詢部，提供書刊借閱、檢索咨詢、科技查新等多種服務。兩個校區圖書館資源共享、通還通借，形成了一個完整的服務體系。通用遠程訪問程序－Ireadr實現了校園網外訪問圖書館網站，大大方便了我校師生校內外利用圖書信息資源，正逐步邁向“圖書館沒有障礙，圖書館無處不在”的服務愿景。圖書館門戶網站年點擊率達到75萬人次。
圖書館是一個具有國家中醫藥管理局和福建省科委雙重認定，并在全國同行業中較有影響的中醫藥查新咨詢機構，承擔著全省中醫藥、中西醫結合課題成果的查新檢索服務。館內倡導“優質、高效、文明、敬業”的理念，以科研帶動、項目帶動、教學帶動的方式，培養和鍛煉了一批優秀的骨干隊伍。在精品課程建設、科研立項和成果獲獎方面均有收獲。
旗山校區圖書館大氣磅礴，成為校園內的標志性建筑。館內大部分區域均覆蓋有無線網絡，各書庫及閱覽室均配備有公共檢索機，便于讀者查找資源；分布在不同地點的三臺自助打印復印機，實現了校園網內聯機打印功能 ；一卡通的使用，集入館、借書、預約、消費于一體；已經實現的全開放、大流通、多自助的先進管理模式，處處體現了圖書館以人為本的細致服務。
中醫文化宣傳融入館內各樓層：大廳依校訓之小篆體藝術屏風劃分為功能服務區與自助休閑區，師生在此既能體驗各類服務，又能欣賞校內外風光，遠山近景盡收眼底；大廳兩側的宣傳欄定期展示中醫文化和學說；雙側步行樓梯正中各掛一幅明版中藥炮制彩色圖譜演繹的壁畫，構圖細致典雅，色彩親切動人；三樓的文化小區，以青石鏤刻中醫與佛道儒兵家的歷史關系及中醫四大典籍的說明，配以二套完整的明式古典圈椅，體現厚重之氣韻；正面的孫思邈采藥的仿銅玻璃鋼雕像及名家書寫的“大醫精誠”原文布局工整，著色古樸，營造出濃郁中醫文化氛圍，感染著莘莘學子。
