三峽庫區生態環境教育部重點實驗室定位于應用基礎研究，以三峽庫區水環境、自然生態系統和城鎮生態系統
為主要研究對象，對三峽水庫運行期間庫區生態環境的演變和發展規律、綜合調控理論與關鍵技術等開展系統、持續和深入的研究，為三峽庫區水環境、人居環境與生態建設提供科學和技術支撐，以保障三峽水庫安全穩定運行和庫區城鎮建設與社會經濟健康發展。
實驗室立足三峽庫區，利用特有的地理優勢，培養優秀的研究人才，承擔國家和地方的研究項目，并根據研究方向及需要，設立開放課題引入流動研究人員開展研究工作，加強國際國內合作，通過合作研究形式加強人員流動，開展研究。通過實驗室建設，逐步優化實驗室管理，與國際接軌，完善實驗室的設備建設，充分發揮設備和人才優勢，努力把三峽庫區生態環境教育部實驗室建設成既能為地方社會和經濟發展以及國家的西部大開發宏觀戰略服務服務，又能進行較高科研創新的國內外的一流重點實驗室。
