數據工程與知識工程教育部重點實驗室建設的總體目標是：依托中國人民大學，搭建國家信息化建設急需的國家級數據工程與知識工程科技創新平臺，匯聚并形成數據工程與知識工程領域創新團隊，使其具備承擔國家重大科技計劃項目的能力，提升中國人民大學信息科學技術與信息資源管理學科群的總體水平。
為了順利地實現上述建設目標和建設任務，協調解決實驗室建設中涉及的場地、資金、人才引進等各方面的問題，中國人民大學成立了以紀寶成校長為主任，主管科研和財務的馮惠玲副校長為常務副主任的實驗室建設管理委員會。同時成立了以校外專家和海外專家為主的學術委員會，學術委員會聘請中國科學院數學研究所研究員、我國人工智能領域著名專家陸汝鈐院士為學術委員會主任委員，我國數據庫領域的領軍人物、我校王珊教授為常務副主任委員。實驗室由信息學院杜小勇院長和信息資源管理學院趙國俊院長為主要負責人，并選聘了專職的行政副主任，進行日常的行政管理。
重點實驗室于2005年12月經教育部批準開始籌建，2006年5月中國人民大學紀寶成校長簽發了中國人民大學文件《關于實施建設數據工程與知識工程教育部重點實驗室（中國人民大學）的決定》（2005-2006學年校政字63號），2006年7月教育部組織專家審議并通過了重點實驗室建設計劃任務書。經過2年的建設，實驗室于2008年10月27日正式通過教育部的專家組驗收。
2009年根據《教育部關于“高分子化學與物理”等教育部重點實驗室主任和學術委員會主任聘任的通知》（教技函[2009]14號）文件的通知，杜小勇教授被教育部聘任為實驗室主任、中國科學院數學研究所陸汝鈐院士被教育部聘任為實驗室學術委員會主任。
