據華南理工大學招辦主任曾志新介紹，平行志愿投檔只是降低了填報高校志愿的風險，能否被已投檔的高校錄取，還要取決于該考生所填專業的錄取分。如果所填六個專業都進不了，那么，該考生將面臨三種結果：一種是因為不愿意專業調劑而被高校退檔；另一種是愿意專業調劑而被錄取在一個沒有興趣的專業；第三種是有條件的愿意專業調劑，例如：除××專業外其他愿意調劑，當高校無法調劑時也要被退檔?？梢?，選擇專業也是填報高校志愿中的一個極其重要的環節。
廣東外語外貿大學南國商學院副院長賴志立表示，考生在第一志愿填報時，應該將最有把握的、最喜歡的專業放到第一位；第二專業通常是一般性的；第三專業是可接受性的。三個專業的順序不能顛倒，分差要拉開一定距離。分數差異過小，等于只報了一個專業。
據悉，高校專業錄取通常有三種規則，以下例舉這三種專業錄取規則以作參考，但2011年各校采用何種規則，考生須向高校咨詢或查閱各高校招生簡章。
專業志愿優先規則
高校將進檔考生按專業志愿順序從高分到低分錄取。各專業首先錄取第一專業志愿填報該專業的考生，當某一專業在錄完第一專業志愿后仍未招滿，該專業可繼續錄取第二專業志愿的考生，依次類推。
舉例：已經投檔給A高校考生中有小明、小軍、小天三位考生，小明高考(微博)550分；小軍高考560分；小天高考540分。小明第一專業志愿、小軍第二專業志愿都是物流管理。結果，小明被該專業錄取而小軍未錄取，這是因為物流管理專業在錄取第一專業志愿時已招滿，最低550分，該專業不會再招第二專業志愿的考生。小天的專業志愿順序是：交通運輸(汽車運用工程)、國際經濟與貿易、車輛工程、金融學、機械工程及自動化和工商管理。小天高考540分，比第一志愿交通運輸專業低3分，而后的五個專業在錄取第一志愿考生時已全部招滿，小天只能接受調劑專業。因此，如果高校采用專業志愿優先規則，選擇第一專業志愿非常重要，第二至第六專業志愿建議不要集中于熱門專業。
高考分數優先規則
高校將進檔考生按高考成績由高到低排序，根據考生的專業志愿順序依次錄取?？忌畹牧鶄€專業志愿是平行的，考分等于或高于那個專業的錄取分，就被那個專業錄取。
舉例：已經投檔給廣州某大學的考生A所填的第4個專業志愿是經濟學類、第5志愿工商管理類、第6志愿旅游管理。他的高考分510分，所填的第1、第2、第3專業都不能錄取，而達到或超過了第4、第5、第6專業的錄取分，根據錄取規則，在這三個專業中該考生不能任意挑選，按順序只能錄取在第4專業經濟學類。因此，在填報專業時，既要把自己喜愛的專業填在前面，又要兼顧各專業近年來的錄取分，從高到低合理排序。如華南理工大學今年專業安排依據“分數優先，同分情況下志愿優先”的原則。該校招辦主任曾志新建議考生可以結合該校各專業在廣東省近三年的排名情況，根據自己的分數，填報出合理的梯度，爭取錄到自己所選擇的專業。
專業志愿順序級差規則
高校將進檔考生按專業志愿順序級差分錄取專業，各高校招生簡章都公布了本校的級差分。
舉例：中山大學2011年本科招生專業錄取方面，學校規定“對于進檔考生的專業安排，采用分數級差辦法。”專業分數級差的計算方法為：同一專業的第二、三、四、五、六志愿的級差值分別定為2分、1分、1分、1分、1分，即第二志愿減去2分、第三志愿減去3分、第四志愿減去4分、第五志愿減去5分、第六志愿減去6分與第一志愿考生按成績排序錄取。
