在職專業碩士與上面兩種方式相比，獲得碩士學位的難度最小，但其花費也可能是最高的。不少MBA的學費動輒十幾萬甚至幾十萬元，其他熱門專業的學費也在3萬～5萬元，沒有一定的經濟基礎，很難順利完成學業。此外，目前在職專業碩士的選擇面相對來說還比較窄，不是所有的在職人員都能找到與自己職業相對應的方向。
三種方式的選擇與比較：
與1月份的統考碩士相比，在職專業碩士和同等學力申碩的優勢在于：它們都是面向擁有一定工作經驗、想進一步深造的在職人群，讓在職者通過邊學習邊考試的方式，在工作中學以致用。其課程內容與工作實際結合較緊密，授課時間也比較靈活。學員可以兼顧學業和事業，也不用考慮就業問題。此外，由于同學都是有數年經驗的職場精英，可以相互借鑒，擴大人脈圈，這點與MBA是類似的。
不過跨考老師有一點要強調：同等學歷申碩和在職專業碩士兩者雖然都是以在職培養為主，但兩者獲得的學位不同，在職專業碩士這種方式獲得的學位稱為專業學位；而同等學力申請碩士學位獲得的學位和每年1月份統招的碩士獲得的學位一樣，基本都是學術性學位。
與統考入學脫產學習的碩士生相比，在職讀研也有比較明顯的缺點：首先，相對于統考生的雙證(學歷證書和碩士學位證書)，后兩種方式只能拿到碩士學位證，而目前社會上認可度最高的是統考生的雙證文憑。其次，因為后兩種培養方式比較特殊，高校對學生的管理往往比較松散，教學質量也參差不齊。
從上面的比較我們可以看出：通過全國碩士研究生入學考試進而參加全日制教學的途徑，比較適合沒有工作壓力的應屆畢業生。對那些希望完全轉行，或是希望在職業發展上有較大飛躍，以及希望進入大城市就業的在職人士，這一途徑也切實可行，只是放棄工作參加考研，成本和風險都相對較大。而對那些不太看重文憑含金量，希望在原有職業基礎上充實自己的考研人來說，選擇在職專業碩士和同等學力申碩，都是比較不錯的選擇。
