軟件工程系創建于2002年，是深圳信息職業技術學院試辦國家級示范性軟件職業技術學院的核心骨干系部。軟件工程系現有兩大專業群，涵蓋了軟件技術、游戲軟件、嵌入式技術與應用、計算機網絡技術、網絡系統管理和信息安全技術等7個專業共計11個方向。
其中軟件技術專業2006年4月被評為廣東省示范性建設專業，游戲軟件專業、嵌入式技術與應用專業和軟件測試技術專業是廣東省的首批批準招生的專業。
軟件工程系現有專任教師42名，其中教授3人，副教授/高級工程師16人，90%的教師具備碩士以上學位，擁有博士/博士后學位教師14人。80%以上教師具有企業經驗或項目開發經驗，擁有“雙師”證書。建系8年來，軟件工程系教師累計1項國家級科研項目、省級課題3項、市級課題8項、院級課題20余項。公開發表論文近100篇，申請國家發明專利1項、實用新型專利1項、獲取省級獎勵1項。軟件工程系教師主編并公開出版的具有高職特色的教材6本，其中3本被列入國家級項目。
軟件工程系建成了具有國內領先水平的專業實訓室和實訓基地，配套專業實訓室有18個，簽約的院外實訓基地30余家，接受企業訂單開展的定向培養生累計超過100余名。軟件工程系高度重視教育資源引進，引進了包括RGDC、微軟、甲骨文（Oracle）等國內外知名軟件公司等的教學資源，極大地提升學生的職業競爭力。依托校內外資源與國內外知名企業合作，開辦了“甲骨文學院”、“華為3Com網絡技術學院”和“思科網絡技術學院”。軟件工程系同時也是廣東省計算機專業技術資格和水平考試授權考點和廣東省Linux公共服務技術支持中心授權培訓認證點。
軟件工程系積極探索高職教育教學模式，“以學生為主體，以教師為主導”進行教學改革與教學研究，已取得了優異的成績。2006年，“個體軟件過程”課程被列入國家級精品課程建設項目；2007年，“Java軟件項目(B/S架構)開發”課程被列為廣東省精品課程建設項目；2008年，“3D網絡游戲開發實踐” 被列入國家級精品課程建設項目。以高陽科技的“訂單式培養”和富士康科技SIDC的“2+1”工學結合人才培養為代表，積極開展“校企聯合人才培養教學改革”，并形成了自己的獨具特色優勢。
本著“以賽促學”、“以證促改”的精神，軟件工程系積極組織和鼓勵師生參與各類競賽和考取高水平證書。目前有2位教師、6位學生通過了國際頂級的CCIE認證。軟件工程系學生先后參加了廣東省“高校杯” 軟件設計大賽、深圳文博會大學生軟件電子設計大賽、全國大學生數學建模競賽等社會各種專業大賽，多次在省級以上的軟件設計大賽上取得優異成績。2007年，4名軟件專業學生在“Oracle Academy全球數據建模競賽”中獲得全球第六亞洲第一的好成績。
軟件工程系的人才培養效果顯著，培養的畢業生深受企業歡迎，就業率每年都保持在98%以上，畢業生遍及中興、化為、富士康、騰訊、易思博、高陽等知名企業和各大金融機構。
