植物科學系是河南農業職業學院最早設立的專業學科，現開設有園藝技術、園林技術、種子生產與經營、植物保護、生物技術與應用5個高職專業。
其中園藝技術專業是國家財政部重點支持的實訓基地建設項目專業、河南省優秀教學團隊、河南省高職高專教學改革試點專業、河南省高等學校特色專業建設點。
園藝技術、種子生產與經營、園林技術三個專業是河南省示范建設專業。植物科學系現擁有各類實驗實訓室23個，實驗實習設備總價值1000多萬元，校內實習基地300多畝，設施面積100多畝，校外實習基地100多個，目前在校生總人數2800余人。
植物科學系師資力量雄厚，現有專兼職教師92人，其中教授8人，副教授36人，41人具有研究生學歷，75%以上為“雙師型”教師。植物科學系長期堅持走“產學研”結合之路，積極開展科學研究、技術推廣、教材建設、校內外實習實訓基地建設，取得了優異成就。截至2009年，全系教師共獲得國家、省、地市級科研成果獎170余項，在省級以上學術期刊發表論文900余篇，擔任主編和參編撰寫全國統編教材、國家規劃教材60多部、省編教材100部。
12位教師擔任省級學會理事或常務理事，2位教師被聘為省農業專家組成員，2位教師被授予河南省學術技術帶頭國優秀教師、全國農業職業教育教學名師、省級優秀教師和先進教育工作者稱號。由于在教育教學、科研推廣、社會服務等方面成績顯著，2008年植物科學系被河南省教育廳授予“河南省教育系統先進集體”榮譽稱號。
