畜牧系是山東畜牧獸醫職業學院學院的重點系之一，設有“畜牧獸醫”、“畜牧”、“養禽與禽病防治”等3個專業（專業方向），其中畜牧獸醫專業為省級特色專業，養禽與禽病防治專業為學院“2 1”教學模式改革的試點專業。畜牧系師資力量雄厚，現有專職教師37人，其中具有高級以上職稱的教師15人，具有研究生學歷或碩士以上學位的28人，具有“雙師”素質的教師30人。
畜牧系有遺傳繁育教研室、養牛教研室、養羊教研室、養豬教研室、養禽教研室、特種養殖教研室、環境衛生教研室、畜牧學教研室等八個教研室；有“遺傳繁育”、“胚胎移植”、“畜禽生產”、“環境衛生”、“繁殖標本”實驗室和標本室；有占地1200多畝的集畜牧綜合養殖于一體的高科技示范場；有飼料廠、乳品廠、養雞廠、家禽孵化室、動物飼養處等校內實訓基地，有諸城得利斯集團、兗州綠源食品有限公司等校外實習基地40多處，為培養生產需要的高技能人才提供了良好的教學實習條件。
畜牧系現有在校學生3000余人。在教學過程中，始終遵循高等職業教育“以能力為本位，以崗位為目標”的原則，培養面向畜牧獸醫生產一線的高技能人才。畜牧系畢業生綜合素質高，操作技能強，就業面廣，社會需求量大，當年就業率達到98%以上。
