臨床醫學系下設內科、外科、婦產科、兒科、五官科學五個教研室和一個臨床實訓基地，現開設的臨床醫學專業是南陽醫專重點建設的專業之一。臨床醫學實訓基地為河南省示范性實訓基地。
臨床醫學系師資力量雄厚，專任教師110名，兼職教師21名。具有副教授以上職稱專任教師42名，雙師素質教師65名。通過內培外引，素質強化，已形成了一支專兼結合、優化結構、“雙師”素質突出的優秀教學團隊。
臨床醫學系現開設有普通?？瓢?、對口?？瓢?、五年制專科班和升段?？瓢?，2010年面向全國20個省份招收三年制專科生985人。
建系以來，堅持走“院系一體、醫教結合、共育英才”的專業發展特色之路，將培養德智體美全面發展、專業基礎扎實、具有醫療、保健、預防等綜合能力的高素質應用型臨床人才作為培養目標。充分利用學校三所附屬醫院的資源優勢，引導學生早臨床，多接觸，反復實踐，使培養的學生見識廣，素質高，動手能力強。畢業生就業率高，社會聲譽良好，在基層醫療單位“用得上，留得住”，廣受歡迎。2009年臨床醫學專業學生就業率達到92.73%。
