中醫系是山東中醫藥高等?？茖W校最大的教學、醫療與科研單位，擔負著中醫學、中藥學、針灸推拿學、康復治療技術等10余個專業的教學任務，承擔北京中醫藥大學、山東中醫藥大學等本科課程的函授教學任務，承擔著山東中醫藥高等?？茖W校專科課程的函授教學任務。建校以來，中醫系學術文化沉淀深厚，人才輩出，在教學、科研等方面處于國內同類院校前位。
師資力量：經過多年的實踐與探索，中醫系已形成了一支以專家、教授為核心、中青年骨干教師為主體、業務水平過硬、職稱比例適當、年齡梯隊合理的高素質師資隊伍，師資力量雄厚。中醫系現有學校編制在崗教師43人，專職教師28人，在校生3000人。其中，副教授以上職稱22人，占教師總數的51%，講師（及中級）職稱14人，占32%；有博士研究生4人，碩士研究生17人，高學歷人員占專職教師的75%。
學科建設：中醫系注重學科和專業建設，以學科建設為重點，以教學科研為基礎，學術、科研水平在國內同類院校中保持領先地位。中醫學專業是山東中醫藥高等?？茖W校的骨干專業。中醫系現下設5個教研室，2個實驗室。目前，中醫系承擔著《中醫基礎理論》、《中醫診斷學》、《中藥學》、《方劑學》、《中醫內科學》、《醫學心理學》等16部國家規劃教材的主編，副主編任務，參加編寫國家規劃教材38部，近幾年發表學術論文260余篇。在研和已完成省級以上科研課題20余項。
人才培養：學校自1958年建校以來，已為社會培養醫學類各專業人才13000余名，近5年，畢業生就業率達90％以上，就業范圍主要分布在山東省，部分學員在省外、國外就業。山東中醫藥高等?？茖W校往屆畢業生因其基礎理論扎實、實踐技能過硬、心理品德優良，深受各級醫療、預防、保健、康復等單位（機構）的歡迎，為中醫事業的建設和發展做出了巨大貢獻。學?，F有直屬附屬醫院1所，有縣級以上教學實習醫院68所，后期臨床教學條件充分。
目前，中醫系正堅持“平和交流，共建和諧氛圍；科學思考，尋求最佳途徑；規范做事，致力同步雙贏”的工作理念，實施“跳躍式、追趕型”的工作策略，求實創新，科學發展，強化教師的主導作用，突出學生的主體地位，圍繞學生的人性需求，關注學生的個性發展、多元化發展，努力提高教學質量和辦學效益，為祖國中醫藥事業的發展做出更大的貢獻。
