機電工程系是安徽國防科技職業學院主要工程科學技術學系之一，目前在校學生1850余人。
現有機電一體化技術、電氣自動化技術、應用電子技術、計算機控制技術、汽車制造與裝配技術、汽車檢測與維修技術、汽車技術服務與營銷和計算機輔助設計與制造技術八個專業。電氣自動化技術專業為省級特色專業建設點。
機電工程系下設電氣自動化、機電一體化兩個教研室；機電工程系實訓中心下設電工電子與自動化技術、汽車維修技術兩個專業實訓中心。電工電子與自動化技術實訓中心是省級示范實驗實訓中心。
近年來，機電工程系緊抓高等教育改革契機，堅持高職教育的辦學模式和方向，注重對學生綜合素質、實踐能力和敬業創業精神的培養。堅持以教學為中心，狠抓教育教學質量和教學改革，加強產、學、研相結合，探索模塊化的課程設置和一體化的教學手段和方法，始終把辦出特色，培養生產、建設、服務與管理第一線高素質技能型專門人才作為辦學目標，嚴格教學管理，加強課程建設?，F已形成一支配備較為齊全、年齡結構與梯隊建設合理、實力較強的機電類專業師資隊伍。全系現有教師專任42人，其中具有副教授(高級工程師)職稱13人，具有企業工作經歷10人，具有碩士學位12人，在職攻讀碩士10人，“雙師型”教師占教師總數的50%以上。電氣自動化技術專業教學團隊是省級教學團隊。
機電工程系各專業的設置緊緊圍繞安徽及周邊地區的經濟發展，與安徽省的產業結構和人才需求相適應。為了培養名符其實的高素質技能型專門人才，本著“高起點、先進性”的原則，配套齊全的電工與電子線路、電機拖動、電力電子與調速系統、電氣技術、維修電工培訓考核、現代電氣控制技術、傳感與檢測技術、PLC技術、自動生產線安裝與調試、計算機組成原理、計算機原理與單片機接口技術、機械手控制和群控電梯、電子工藝創新、整車透明汽車模型、發動機、全車電器、汽車底盤、汽車故障分析等近三十個專業實驗實訓室，還設有可供各專業學生進行動手能力訓練及專業實習且具備相當規模和生產能力的綜合性實習工廠。在先進制造領域中，采用了世界流行并具有典型性特點的數控系統和相應的模擬操作軟件，營造真實或仿真的職業技能訓練環境；并與校外企業合作，建立了60多個實訓基地。
學生在校期間，可自主選擇工種在開放的“實驗實訓中心”進行相關實驗實訓；下廠實習期間，可在校外實訓基地接觸行業新技術，并將所學理論與生產實踐緊密結合，形成機電類高素質技能型專門人才特有的職業素質。2008年在安徽省第二屆職業院校技能大賽中維修電工項目獲得一個二等獎和一個三等獎，發動機拆裝項目獲得一個團體；2009年在安徽省第三屆職業院校技能大賽中維修電工項目獲得二個二等獎和一個三等獎，電子產品設計與制作項目獲得團隊二等獎；2010年在安徽省第三屆職業院校技能大賽中自動線安裝與調試項目獲得團隊三等獎，發動機拆裝項目獲得團隊二等獎；2010年“安徽銳捷杯”安徽省第五屆大學生電子設計競賽(高職組)中獲得團隊三等獎；安徽省示范性高職院校合作委員會(“A聯盟”)2010年自動線安裝與調試競賽中獲得團體二等獎。
機電工程系，是以素質教育為基礎,能力培養為主，培養電氣自動化技術、機電一體化技術、汽車技術、計算機控制技術、計算機輔助設計與制造技術等生產第一線急需的實用型人才。機電工程系本著培養合格 “社會人”和“職業人”的原則，努力成為把科學技術成果轉化為現實生產力的橋梁。生源遍及安徽、江蘇、浙江、江西、陜西、河南、湖南、湖北等省市。招生人數呈逐年上升趨勢。機電工程系積極開展與專業相對應的各類職業技能大賽，初步形成“發賽促學、以賽促教”的雙向促進機制。
未來3年，根據我國經濟發展對人才的需求，預計增設1—2個新專業，形成自動化技術和汽車技術二個專業群。屆時，機電系將為社會輸送更多合格的專業技術人才。機電工程系作為學院的重點建設系部，將繼續發揚 “團結、高效、求實、創新”的優良傳統，建特色，創品牌，爭市場，促發展，與時俱進，開創培養高素質技能型專門人才的新局面。
機電工程系黨團工作朝氣蓬勃，學生會組織完善。學生社團以人為本，相勉相助，課余活動健康豐富。機電工程系學生知努力，會刻苦，善思勤學，志存高遠。
辦學特色
（1） 聘請工廠有一定知名度的專家、高級工程師組成專業建設指導委員會，參與人才培養方案的制定、課程的設置、大綱的制訂。
（2） 機電工程系畢業的學生均實行 “雙證制” 即學生在獲取畢業證的同時，還要經技能培訓，經考核獲取與其專業相對應的職業資格等級證書。比如： “中、高級維修電工”、“中、高級汽車維修工”“中、高級數控機床操作工”“電子 CAD”、電子裝配工職業資格中級、高級證書等證書。
（3）充分發揮教師的聰明才智，自行研制實驗、實訓設備，如電氣技術實訓裝置等。
