機械工程系是安徽國防科技職業學院規模最大、最具實力的系之一。 現開設有：數控技術、模具設計與制造、機械設計與制造、機械制造與自動化、焊接技術及自動化專業。
其中機械制造與自動化專業為安徽省特色專業；數控技術專業、模具設計與制造專業為教育部指定技能型緊缺人才培訓專業；機械設計與制造專業、模具設計與制造專業為學院教改示范專業。
機械制造與自動化專業是安徽國防科技職業學院最早設立的專業之一，具有強有力的專業建設機構，雄厚的師資力量；各專業以技術應用能力為主線，以社會需求為向導，重點培養學生的實踐創新能力和技術應用能力，突出專業自身特色，多年來培養了大批理論基礎扎實，實踐能力突出的高素質的技術應用人才，近兩年畢業生就業率均在99%以上。機械工程系畢業生遍布安徽、廣東、浙江、上海、江蘇等地區，深受企事業單位的歡迎。機械工程系已成為安徽省軍工行業和周邊省份制造業人才培養、技術推廣的重要基地。
機械工程系擁有一支高素質的教師隊伍。現有教師43人，其中副教授、高級工程師16人，講師16人；碩士18人，碩士研究生在讀4人。雙師型教師比例達50%以上。他們既具有扎實的理論知識和教學水平，又有較強的工程實踐能力和較豐富的專業工作經驗。為適應我國制造業的發展對人才需求的新要求，機械工程系不斷深化教學改革，轉變教育觀念，積極探索著新形勢下的高職層次人才培養模式，先后承擔安徽省教研項目13項，省級重大教研教改項目2項。校內應用研究項目6項。機械制造與自動化入選第一批省級特色專業建設點，制造類工學結合技能型人才培養模式入選省教改試驗區項目。獲得省優秀青年人才資金項目3項，發表各類學術論文50多篇。其中3類以上論文20余篇，2類以上論文4篇，院精品課程6門。公開出版教材11本，編寫校本教材11本。
機械工程系建有設備先進、體系完備的實踐教學基地?，F建有機械制造技術實訓室、數控加工技術實訓中心、電加工實訓室、CAD/CAM實訓室、焊接技術實訓室、三坐標測量實訓室、模具拆裝實訓室、材料力學性能實訓室等，擁有各類教學科研設備共計100多臺（套），設備總價值近千萬元。同時，機械工程系堅持產學結合，注重加強與企業的合作，在六安江淮汽車齒輪股份有限公司、江淮汽車股份有限公司、東風機電股份有限公司、皖西機械股份有限公司等十多家企業建有校外實訓基地。
機械工程系設有國家職業技能鑒定所，現具備鉗工、車工、銑工、數控機床操作技能、AUTOCAD操作技能的培訓和鑒定資格，校內外學員經過職業技能培訓和鑒定，可獲得初、中、高級職業技能證書。在學生中全面施行“雙證書”制培養方案，學生畢業前取得“數控加工操作工”、“鉗工”“車工”、“銑工”、“制圖員”、“數控工藝員”等職業資格證書，幾年來考試通過率達到90％，深受用人單位的歡迎。在2008年省第二屆職業院校技能大賽中，機械工程系同學李孟、蔣子峻、刑印濤獲工具鉗工組二等獎及優秀獎。在2008年省勞動廳數控技能大賽中，安徽國防科技職業學院張勇、蔣子峻分獲數控車組第四名和第八名；李鎰、范士同、張明春同學分獲數控銑組第四名、第五名和第九名。在2009年省第三屆職業院校技能大賽中，機械工程系同學李根、鐘玲玲分獲工具鉗工組三等獎；沈正好、李鎰、蔣子峻獲數控加工組團體三等獎。
本系成立了由企業專家組成的專業建設指導委員會，定期對專業的教學改革、教學計劃、教學大綱、教材建設、“雙師型”師資隊伍建設、實驗實訓建設規劃、校內外實習、就業崗位知識能力等重要問題討論研究。教學改革中注重學生能力和素質的培養，加強學生應用能力的鍛煉和提高，實踐教學和理論教學的課時比例接近1:1,由于有良好的校內外實訓條件，學生可直接頂班上崗，使畢業生真正做到“下得去，用得上，留得住”。
