福建農業職業技術學院生物技術系成立于2003年8月。自成立以來，積極探索產學研有機結合的辦學模式和運行機制，通過努力，現各項工作全面步入了正常發展的軌道。
全系目前招生專業共有7個：生物技術及應用、食品生物技術（加工方向）、食品生物技術（檢驗檢疫方向）、食品生物技術（閩臺合作班）、環境監測與治理技術、種子生產與經營、觀光農業七個專業。
設立生物教研室、食品教研室和體育教研室等三個教研室。生物技術系現擁有一支長期從事教學實踐、專業理論扎實、專業技能熟練、教學經驗豐富、愛崗敬業的較雄厚和完備的師資隊伍。任課教師39人：農業技術推廣研究員1人，副高職稱14人，中級職稱6人，初級職稱17人，見習教師1人。其中獲博士學位1人，碩士學位（含在讀）19人，師資結構較為合理。
生物技術系具有較完善的實驗、實習、實訓設備、設施，現有化學實驗室、微生物實驗室、植物生理實驗室、生物工程實驗室、食品生物技術實驗室、遺傳育種實驗室、植物病蟲實驗室、組織培養實驗室、食品加工與檢驗實驗室、環境監測實驗室、食用菌實驗室等，基本能滿足課程的實驗需求。另本系在學院內擁有200多畝農業生態園、組培中心等實訓基地，在院外有多處教學實訓基地。學生在德、智、體、美、勞全面發展的基礎上，掌握一定基礎理論知識，同時具備較強專業實踐技能，能從事食品生產與加工，環境監測與保護以及生物相關行業高素質的技能型人才。
