機電工程系是健雄職業技術學院重點建設的系部，也是辦學特色最鮮明、培養目標最明確的系部，系部以掌握一門高級軟件、具備一項高級技能、能參與高技術實踐的“三高”思想為指導思想。
機電工程系借鑒德國“雙元制”模式，對傳統的課程做了較大的改革，對一些課程進行有效地整合。同時機電工程系在訂單式培養和中外合作辦學上作出了努力探索。06年開始為世界500強企業舍弗勒集團定向培養專業技術人員，同時與加拿大不列顛哥倫比亞理工學院(BCIT)進行合作辦學，按照BCIT課程標準進行培養。
2007年開始，機電工程系在定向雙元培養上又邁出了新的一步，學院與德國工商行會上海代表處組建中德培訓中心，每年按照德國雙元制職業培訓要求，為太倉及周邊地區定向培養機電一體化與模具設計與制造專業技術人才。同時與國家高新技術企業新陽光集團定向培養基層管理技術人員。
機電工程系師資力量雄厚，現有教授1人，副教授3人，高級工程師2人，碩士研究生9人，一半以上教師來自全國各類企業，具有豐富的實踐經驗。機電系科研力量雄厚，已與法路機械有限公司合作開發了“高精度研磨機”，自行開發了“視覺跟蹤機器人”，“柔性并聯機器人吊機”，“管道機器人”等高級伺服驅動系統，在省內創新大賽上得到同行的認可。2008年6月，在江蘇省第三屆機器人大賽中表現出色，獲得兩個季軍，三個一等獎，一個二等獎的好成績。機電工程系與30多家企業建立了穩定的合作關系，為企業提供人才支持、與企業共同合作開發項目和解決各種生產、科研課題。
機電工程系擁有優良的實驗實訓設備，模具設計中心、數控維修實驗室、液壓與氣動實驗室、工業自動化實驗室、機電創新實驗室、機械拆裝實驗室、PLC實驗室、機床電器實驗室、電工維修實驗室、變頻實驗室、起重機與發動機實驗室等14個專業實驗室。同時機電系擁有四個生產實訓工場，鉗工工場、車工工場、模具工場、數控工場，擁有普通車床、銑床、磨床、鉆床等常規普通機床近60多臺，擁有數控車、數控銑、加工中心、線切割等數控設備近30臺，實驗實訓資產共計1000多萬，能為社會各界提供優質的職業培訓和產品配套加工服務。
