福建衛生職業技術學院藥學系是福建省最早的藥學人才培養基地，有50多年的辦學歷史，具有雄厚的師資力量和先進完善的教學設施。自1978年開始在福建省率先開辦藥學大專班，1983年起與中國藥科大學合作開辦?？?、本科藥學函授教育。
目前，藥學系開設有藥學、醫藥營銷、藥物制劑技術、藥物分析技術、生物制藥技術等五個專業。設有藥劑與藥品經營管理教研室、藥分教研室、中藥教研室、藥化教研室、藥理教研室、新藥藥理研究中心和食品藥品研究所。現有教職工49人，其中專任教師共37名，其中副教授（含高講）19人，占總數51.4%；講師6人，占總數16.2%；具有碩士以上學位教師13人，碩士以上學位占總數35.1%。具有雙師素質的有15人，占總數40.5%。兼職教師18人，其中，高級職稱11人，占總數61.11％。幾年來完成多項課題研究，有8人主編或參編國家規劃教材，每年有數十篇論文在各級各類刊物發表，藥劑學、藥理被評為省級精品課程，藥學專業被評為省級精品專業；同時藥學專業教學團隊被評為省級教學團隊。
藥學系擁有一座占地1400平方米的五層樓系館，設有藥劑、藥分、藥化、藥理、中藥鑒定和化學等各類實驗（實訓）室17間。近年來，藥學系積極推進實踐教學體系改革，加強學生職業技能、實踐能力的培養，目前已建成并投入使用的有：占地1009平方米的藥物制劑實訓車間，裝備有制備片劑、膠囊劑、注射劑等各種劑型的大型制藥機械設備；精密儀器中心，配備有高效液相儀、氣相色譜儀、紫外分光光度計等精密儀器，可用于各種劑型的質量檢測；中藥標本室，收藏數千種動植物標本以及模擬藥房、靜脈藥物配置中心和SPF級屏障系統動物實驗室；另外，占地10畝的藥用植物園正在興建中;藥學實訓基地為中央財政支持實訓基地。藥學系先進的教學設施能滿足藥學專業各課程的實驗實訓教學需要以及開展科研工作的需要。
“厚德、博學、求實、勤奮”是藥學系的精神，團結合作、愛崗敬業是藥學系的優良傳統，為國家培養具有扎實的專業理論知識和較強專業實踐操作技能，能在各級醫療機構、藥品生產企業、藥品經營企業等從事藥品生產、藥品調劑、藥品質量檢測、藥品營銷及化妝品、保健品質量檢測等工作的藥學高素質技能型專業人才是藥學系辦學的目標。藥學系全體教職員工將繼續開拓進取，在教學和科研中做出更大成績，為福建省藥學事業的發展做出新的貢獻。
