南京化工職業技術學院化學工程系成立于1958年，幾十年來培養了以全國技術能手、全國五四運動獎章標兵獲得者薛魁（化工89級）和中石化勞模、技術能手唐衛澤（化工88級）為代表的、數以萬計的優秀人才，他們散布在全省乃至全國各化工企事業單位，為化工的振興和發展做出了巨大貢獻。
該系有五個專業對外招生（學制三年）：應用化工技術專業、高分子材料應用技術專業、有機化工生產技術專業、高聚物生產技術專業和工業環保與安全技術專業。擁有投資數百萬元的化工單元操作實訓中心、高分子材料實訓中心等實訓場所，可分別滿足化工類專業和高分子專業的學生進行崗位綜合實訓的需要，是相關專業學生技能考核和取證的重要場所，具有化工和高分子相關專業中、高級工技能培訓、考核與取證資格。
化學工程系共有教師46人，其中教授1人，具有副高職稱教師14人，高級以上職稱教師占32.6%。“雙師型”教師25人，擁有一支穩定的專家、教授、高級工程師組成的專、兼職教師隊伍。該系的化工原理課程為江蘇省省級精品課程，今年正申報國家級精品課程；高分子材料應用技術專業是江蘇省省級骨干示范專業。
作為一個傳統老牌系部，化學工程系始終重視高職教育、教學改革，不斷創新職教理念，在培養模式和專業與課程建設方面堅持以就業為導向，注重學生崗位綜合能力培養。積極與企業聯合，舉辦了“訂單式”培養的南通江山公司化工班、惠生公司化工班等。與此同時，該系多年來一直承擔面向企業的各層次培訓，如中石化南京化學工業公司的技師培訓、塞拉尼斯公司和江蘇中能光伏科技發展有限公司職工的崗前培訓等。近年來，該系學生的就業率穩居98%以上，使傳統專業老而彌新，始終煥發不竭的生命力。
