吉林農業工程職業技術學院食品工程系始建于2006年，現開設食品營養與檢測、食品貯運與營銷兩個專業，其中食品營養與檢測專業是吉林農業工程職業技術學院特色專業。
食品工程系現有專兼職教師20人，其中教授1人、副教授11人、講師4人、高級實驗師1人，具有碩士學位教師6人，雙師型教師19人，專業帶頭人2人，骨干教師4人。該系師資隊伍結構合理、學術思想活躍，創新意識強，是一支以高學歷、高職稱、雙師型為主體的教師隊伍，為食品工程系的進一步發展奠定了良好的基礎。食品工程系教師在教學之余從事科研工作，取得了豐碩的成果，近兩年在國內外學術刊物上發表論文30余篇，出版專著和教材（主編或參編）6部，在研課題3項，已結課題4項，獲得國家專利4項。
食品工程系現有食品分析實訓室、食品微生物檢測實訓室、畜產品加工實訓室、軟飲料加工技術實訓室、食品衛生檢驗實訓室等5個專業實驗室，面積為680平方米，擁有氣相色譜儀、紫外分光光度計、真空脫氣機、高壓均質機、真空冷凍干燥機、微電腦烤爐、不銹鋼冷柜、立式和面機、醒發箱、全自動凱氏定氮儀、脂肪測定儀、自動電熱壓力蒸汽滅菌器、恒溫生化培養箱、電子生物顯微鏡等先進儀器，教學科研設備投資達100余萬元，能很好地滿足食品類專業相關課程實踐教學的需要。食品工程系與遼寧聲旺食品有限公司、吉林匯源飲品有限公司、宏寶來飲品有限公司、中央儲備糧四平平東直屬庫等單位，建立了緊密的產學研合作關系，成為該系重要的教學、科研、生產實習基地，畢業生就業率一直保持在98%以上。
食品工程系素以注重學生動手能力與綜合素質的培養而著稱，以“創一流系風，育一流人才”為目標，根據食品現代化生產水平的需要，強化實踐教學環節，注重創新能力和合作精神的培養，全面提高學生的綜合素質。
