汽車工程系是1998年學院成立后，在原吉林交通學校汽車運用工程和筑路機械這兩個學科的基礎上組建起來的。
汽車運用工程專業的前身是1958年吉林交通學校成立時設置的汽車運用與修理專業，1996年汽車運用工程專業在交通部全國交通專業學校汽車運用工程專業重點專業點評估中獲第一名，1997年被吉林省勞動廳職業技能鑒定中心確定為汽車駕駛員與維修工職業技能鑒定基地，1998年在汽車運用工程專業的基礎上設置了汽車檢測與維修專業，2001年該專業被教育部評為“全國高職高專教學改革試點專業”，2005年經省教育廳專家組評估驗收后被確定為吉林省高職高專示范專業。
筑路機械專業是1991年設置，2004年根據專業定位的需要，改為工程機械運用與維護專業。2002年，2003年，2006年根據汽車售后服務市場的需求先后開設了汽車技術服務與營銷，機動車保險與理賠，汽車電子技術三個專業。
吉林交通職業技術學院的汽車、筑機(交通工程機械)專業率先實行了專業課模塊教學，較早的開設了汽車新技術、筑路機械新技術、汽車專業英語、筑路機械專業英語等課程。同時增加了主干專業課操作考試及專業題庫綜合答辯，強化了學生的主干專業課理論知識及高級轎車、先進筑路機械的故障診斷、檢測及維修技能。
汽車工程系的全體同學畢業時可獲得汽車駕駛證、汽車維修中高級職業資格證和畢業證等證書。本專業畢業生就業率在95％以上，畢業生多數被分配在交通運輸和管理系統相關行業、汽車維修、運輸企業中，并且成為技術能手或骨干力量，也有不少畢業生現已走上領導崗位。
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