南京大學配位化學國家重點實驗室于1988年在南京大學配位化學研究所的基礎上建立起來，1990年起向國內外開放，1991年通過國家驗收。實驗室為無機化學博士學位授予單位，并設有無機化學博士后流動站。現任學術委員會主任為游效曾院士, 實驗室主任為郭子建教授。
實驗室立足于基礎研究工作，主要學術方向是與材料科學和生命科學密切相關的功能配合物化學、生物無機化學和固體無機化學。在功能配合物化學方面，著重研究分子基材料的組裝，探索新型的分子基磁性材料、導電材料、非線性光學材料、光開關、手性分離材料和納米器件等；在生物無機化學方面，著重合成具有生物活性的配合物分子，深入研究金屬生物大分子的結構，最終在金屬藥物的設計、合成以及金屬酶的模擬等方面取得突破性進展；在固體無機化學和表面化學研究方面，主要是探索新的合成方法，制備新穎的低維、層狀和多孔固體材料，研制具有應用前景的有序納米管、納米絲等材料。
1991年以來，實驗室承擔了國家攀登計劃3項，國家重點基礎發展計劃（973）3項，國家高技術研究發展計劃（863） 2項，國家自然科學基金的重大項目5項、重點項目8項和面上基金項目89項，橫向項目15項等。共計發表學術論文2050余篇，其中SCI論文1500余篇，專著4本, 專利30余項，鑒定成果2項，技術轉讓1項。有關配合物的合成和結構工作獲國家自然科學二等獎2項、三等獎1項，獲教育部提名國家科學技術自然科學一等獎4項、二等獎2項，國家教委科技進步一等獎1項、二等獎5項、三等獎2項，省部級科技進步一等獎1項、二等獎5項、三等獎2項，國家優秀教材獎3項，亞洲化學會基礎研究報告獎1項，何梁何利科學與技術進步獎1項。1994年被國家教委評估為A級實驗室，1995年在國家計委、科委委托國家自然科學基金會組織的聯合評估中評為A級實驗室；1999年在國家自然科學基金會組織的聯合評估中，在化學類29個實驗室中名列第8位；2004年在國家自然科學基金會組織的聯合評估中，在化學化工類實驗室評比中獲得B類第一的好成績（總排名第6 ）。
實驗室十分重視并廣泛開展國內外的學術交流和合作，多次主辦國內和國際學術會議，努力提高我國配位化學的基礎和應用研究水平。同時，還培養了一大批優秀的研究人才，已經畢業的碩士生和博士生共275人次。
實驗室現有研究人員31人（教授26人，副教授5人），其中中科院院士1人，博士生導師24人，長江特聘教授3名（海外2名），國家杰出青年基金獲得者7名（海外3名），教育部跨世紀人才3名，新世紀人才6名。另外還有實驗室管理和技術人員8人，他們為驗室的對外開放以及科研工作的順利進行提供了保障。
實驗室現有以下現代化大型儀器：MPMS XL-7T型超導量子干涉磁性測量儀，500兆DRX超導核磁共振儀，MALDI-TOF MASS型基質輔助激光解析電離飛行時間質譜, LCQ電噴霧質譜儀，CCD和四圓單晶X-射線衍射儀，穆斯堡爾譜儀，激光拉曼光譜儀，皮秒級熒光光譜儀等。實驗室每年批準開放課題約20項，并設有客
座人員實驗室，可接納客座人員20人/年，并可接待獲得國家教育部資助的高級訪問學者5人/年。
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