航運技術與控制工程交通行業重點實驗室（原航運仿真中心）成立于1999年11月，是交通部首批設立的17個重點實驗室之一。2006年5月，經交通部批準，正式由“航運仿真中心”更名為“航運技術與控制工程交通行業重點實驗室”。
重點實驗室現有固定研究人員21人，其中教授7人，副教授8人，高工2人，顧偉教授任實驗室主任。中交上海航道局侯曉明教授級高工任學術委員會主任，上海海事大學黃有方教授任學術委員會副主任。
重點實驗室擁有三個實驗平臺：船舶、港口自動化與網絡控制實驗平臺，船舶電力推進與大功率傳動控制實驗平臺，航運仿真與決策支持實驗平臺。為承擔交通領域重大科研項目、解決航運技術重大問題、培養和集聚高層次交通科技人才提供了實驗與科研條件。
重點實驗室具有較強的科研實力，先后承擔了上百項國家、交通部、上海市及港航企事業單位的科研項目，獲得了多項省部級科技獎項。近五年，獲得的主要科技獎項包括：上海市科技進步獎4項，上海市科技發明獎1項，國家安全生產科技成果獎1項；承擔的主要項目包括：國家自然科學基金項目3項，國家863計劃項目2項，國家科技支撐計劃項目2項，國防科工委研發項目2項，交通部重大科技項目1項，上海市登山計劃重大科技項目2項，上海市科技創新行動計劃項目2項。申請專利90余項，獲得專利授權50余項。在國內外權威學術期刊上發表學術論文200余篇，其中被SCI、EI收錄近100篇。
在開展重大縱向課題研究的同時，重點實驗室注重將研究成果轉化為生產力，與國內交通行業大型骨干企業大力開展產學研合作，已向交通系統企事業單位成功推廣港口自動控制系統、大功率船塢用變頻電源、船舶操縱模擬器等產品。
航運技術與控制工程重點實驗室在交通部、上海市科委、上海市教委的領導下，在上海海事大學的支持下，實行“開放、交流、合作、競爭”的運行機制，正逐步建設成為我國交通科技創新和科技服務的重要基地。
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