福建省高校水產科學技術與食品安全重點實驗室（集美大學）是福建省教育廳2006年批準籌建的福建省高校重點實驗室之一，依托集美大學建設；2008年7月實驗室通過福建省教育廳組織的專家驗收。實驗室擁有水產養殖學、水生生物學、漁業資源學、食品科學和微生物學等五個學科碩士授權點，以及一個農業推廣碩士專業（漁業領域和食品加工與安全領域）。目前實驗室擁有研究和技術人員43人，其中教授19人、副教授12人、講師 6人；其中博士23人。
實驗室現有使用面積達3000平方米，擁有價值2000多萬元的儀器設備，其中包括透射電子顯微鏡、全自動DNA測序儀、生物芯片點樣機、熒光芯片掃描儀，熒光定量PCR儀、全自動遺傳分析儀、全自動生化分析儀、厭氧培養系統，全波長酶標儀、冷凍干燥機、高速冷凍離心機、高效蛋白純化裝置、ICP液質聯用儀、氣相色譜儀、液相色譜儀、氨基酸分析儀、流式細胞儀、總有機碳分析儀、熒光分光光度計、離子色譜儀、雙向電泳系統等大型儀器。
實驗室的主要四個研究方向分別是：（1）水產經濟動植物養殖與病害防治的研究；（2）水產經濟動植物遺傳改良與重要功能基因的研究；（3）水產動物的營養需求與環保型綠色飼料研究；（4）水產食品安全研究。近年來，在壇紫菜種質資源研究、大黃魚優質抗逆品種培育、鰻魚藥殘控制技術與環保高效配合飼料研究、鮑健康苗種生產及其養殖技術的研究與開發、鲆類病害防治和免疫活性配合飼料的研究以及水產食品安全等方面的研究取得了重要成果，產生了良好的社會、經濟和生態效益。實驗室科研成果共獲得了7項福建省科學技術進步獎，其中一等獎1項，二等獎2項，三等獎4項；共獲得了2項廈門市科學技術進步獎，其中二等獎1項，三等獎1項。實驗室申請了10多項發明專利，目前已獲批3項專利。
實驗室將圍繞福建省水產養殖業出現的熱點和難點問題，結合國際發展前沿，不斷凝煉、提升研究方向和創新目標，積極承擔國家、部門和地方重大科研任務，發展我國水產科學，將實驗室建設成為在國內具有競爭力的水產科學研究基地、水產科學人才培養中心以及與港、澳、臺和國際合作與交流的平臺。
